在項目施工期，影響空氣質素主要可能是工地的清理和準備、現有結構的拆卸、開挖和回填、露天工地的侵蝕、道路澆築等。附近地區的一些重大施工項目將造成累積建築塵埃影響，這些項目包括深港西部通道、元朗公路擴闊工程、洪水橋新發展區、十號幹線-從北大嶼山至元朗公路和新圍污水處理廠擴建及升級等。
當採用實際和有效的塵埃抑制措施後，可為施工期間帶來的塵埃滋擾降至最低。施工時，現場人員應遵守空氣污染管制（建築塵埃）條例附錄表一中第一、第三和第四部分所規定的相關塵埃管制要求。
在項目運作期，空氣質素影響主要是來自行駛在擬建的后海灣幹線上的汽車尾管排放，以及主要來自現有和今後在區內的煙囪排放等。
此外，進行評估時已採用電腦擴散模型，來模擬對來自擬建的后海灣幹線以及該地區今後道路交通網絡於運作期間所產生的累積空氣質素影響，以及主要來自現有和今後在區內的煙囪排放。模擬結果顯示，在擬建的后海灣幹線一帶之現有和今後的所有空氣敏感受體均沒有出現二氧化氮、可吸入的懸浮粒子以及一氧化碳等空氣質素指標的超標情況。所以，對運作期的空氣質素影響是不需要採取任何的紓緩措施。
與后海灣幹線項目有關的主要噪音影響是施工活動和道路上的交通。噪音敏感受體位於后海灣幹線兩旁。其中絕大部分是現有的村屋和一些中等高度私人發展計劃項目。同時，在附近還有規劃中的主要發展區：洪水橋新發展區。
施工期間的影響主要是與行車道的施工有關。產生最大噪音的工程是高架結構道路的地基工作。降低噪音方法包括：不同施工水平的紓緩措施以及一些特別的措施：建議在工地建立特別圍板以及使用低噪音設備等措施。只有四個噪音敏感受體可能遭受到地基工程的剩餘影響。但這些影響可以通過在施工時採用特殊的施工方法來降低。本研究亦對來自其他同時進行施工項目的累積影響進行了評估，這些項目包括元朗公路擴闊工程、十號幹線、洪水橋新發展區以及深港西部通道等，預計其影響一般會在可接受的範圍之內。
在橫跨主要公路（青山路和元朗公路）、西鐵和輕鐵的一些路線上，進行夜間施工是不能避免的，這是基於在白天封閉這些公路和鐵路，將會引起安全和公眾滋擾或不方便等問題。在進行這些不能避免的夜間施工前，未來的承建商必須根據噪音管制條例就夜間施工申請施工噪音許可證(CNP)，而許可證能否得到有關政府部門批准，是取決於進行夜間施工時的恰當理由和擬採取的紓緩措施。
運作期間的影響主要是后海灣幹線上的交通。高架的后海灣幹線對位置較低的噪音敏感受體提供了屏障作用。為了緩和過度的交通噪音影響，建議在所有時速大過七十公里的路段採用低噪音的路面材料。在道路沿線的重要地方建議使用噪音屏障。對於規劃中的洪水橋新發展區，其影響及需要的緩解措施及規劃限制已在報告中提出給將來考慮。當採用紓緩措施後，預計不會造成與交通噪音有關的負面影響。
在項目施工期，為了不影響項目下游河流的流量，需要對與擬建的幹道路線相交的河流進行改道。使用箱式暗渠和明渠能避免對河流造成影響。另外，可能需要對現有的管道工程和雨水管道進行改道，從而保持這些設施的正常功能。
開挖和回填、基礎施工、路段和有關設施的施工將會產生工地徑流。工地徑流一般含有較高濃度的懸浮粒子。因此，需要採取專業人士環境事務諮詢委員會PN1/94指引中提出適當的紓緩措施，亦應在工地採用污水處理系統。另外，在排放已處理的污水前，需要獲得由環保署頒發的排放許可證。
在項目進行的初期，應要有一個建築工地排放設計及管理計劃，以控制水質污染。此外，建議有一個特別的排污系統以處理於鄰近后海灣泥灘進行的鑽孔灌注樁工程所流出的污水，而這項措施應訂明於招標書內。通過實施紓緩措施和執行最佳的管理辦法後，應可減低與后海灣幹線項目對水質造成的影響至可接受的水平。
於后海灣幹線項目運作期間，造成的潛在水質影響主要包括后海灣幹線上的雨水徑流和發生事故時的化學品洩漏。由於沒有邊境控制設施，車輛維修處及秤車站不會產生任何生活廢水，所以污水的產生不會是一個問題。
由於來自后海灣幹線的道路徑流含有由汽車產生的污染物，所以在低潮時直接排放到后海灣泥灘會是主要的問題，因這可能會影響到在泥灘上覓食的鳥類和動物群。因此，建議定期在污染源使用真空清掃車清除后海灣幹線所產生的污染物，繼而直接排入到后海灣。而且，沿著后海灣幹線的路段應裝置附有泥沙收集的標準路政署集水溝。
海事處有一套海上漏油應變計劃，以處理在香港水域發生的漏油事件。此外，應編制緊急應變計劃以處理事故發生時的化學品洩漏。此外，應為員工提供培訓以對緊急事件作出反應。為后海灣幹線的運作編制優良管理計劃以加強水污染的管制。預計在后海灣幹線項目運作時，不會造成負面的水質影響。
4.4 廢物管理
對於項目施工期產生的廢物所帶來對環境潛在的影響已進行了評估。由於沒有大規模的開挖和回填工程，所以只有少量大約為14,000立方米產生的開挖廢物是需要處置的。而只有少量大約為19,700立方米的廢物是由清理現有結構的工地所產生的。此外，只有一般的建築廢料會產生的。因此，預計對擬建的路線的影響會很小的。
主要的問題包括需要在施工期間實施有效的廢物管理規劃。目前，已建議廢物管理方法和實踐以及其他環境管制措施以確保將潛在的影響消除或控制在可接受的水平內。
假設所有建議的紓緩措施都能成功地實施，包括恰當地進行廢物處置，與廢物管理有關的潛在環境影響將是不大的。在項目施工開始前，應制定現場廢物管理計劃。廢物管理計劃的建議應完全地實施。此外，不會有剩餘影響產生。
初步調查已確認在后海灣幹線路線內所引起土地污染的土地用途，例如工業工場、汽車維修、維修工地露天儲存等。擬建的路線僅涉及一小部分受影響的工地，而大概有十個工地是需要作進一步調查。
考慮到這地區的土地用途將會變化迅速，所以應參考當時的場地環境來對污染評估計劃進行更新。在施工工程開始前，需要進行進一步的場地評估以審核本環評的結論，包括採樣的數目和地點，以及實驗參數。在進行實際採樣工作前，應提交這些修改的污染評估計劃，予環保署取得同意。在得到環保署的同意後，將會實施污染評估計劃，而調查結果亦會納入污染評估報告中。
透過早期談判落實后海灣幹線的土地或收回土地後，會進行污染評估計劃以及取樣和實驗工作。隨後的污染評估報告和搬遷行動計劃將在施工開始之前完成。於存在問題的工地進行施工前，應對受污染的土壤進行補救淨化。
沿后海灣幹線的重要棲息地和特徵如下：
主要的生態影響包括：
實施該計劃後將需要恢復0.73公頃的魚塘。臨近鰲磡石的0.73公頃農田將被用來建立濕地，以補償沼澤地和池塘的損失及為附近使用魚塘的白鷺和其它鳥類提供棲息地。這樣，將不會造成有魚塘面積的損失。
雖然沿線的樹木¡B林地和植林區將會損失，但將會在邊緣地區種植樹木，以提高整個地區樹木和林地的覆蓋率（將種植12.7公頃的面積以補償8.7公頃的損失）。
一些不太重要的棲息地亦將會受到影響，包括山坡草地¡B農田¡B草地和荒地等。不過沒有必要對所有受到損失的棲息地提供紓緩措施，與魚塘相比，對它們提供保護的重要性相對較低。
取決於施工時鷺鳥林在鰲磡石的位置(因這鷺鳥是屬於經常遷移的鳥類)，蒼鷺和白鷺的撫育棲息地可能會遭受到損失¡C根據2002年的數字顯示，可能會有10對蒼鷺和白鷺受到影響。但據白鷺在歷史上的遷移紀錄，這些鳥類能在別的地方築巢。而所有竹林在現有的鷺鳥林應移植到位於鰲磡石的濕地補償區的西面，所以剩餘影響將會是很小的。
雖然幹道亦會造成分割，不過不會造成重大影響，因為后海灣幹線附近大部分地區的景觀已出現了很大程度的退化和分割。由於許多物種（特別是鳥類）具有高度的遷移性，能自由和快速地遷移到新的棲息地。其它遷移性較差的的物種可以利用河道及擬建下水道遷移到高架幹道的下面。
此外，將會產生一些與滋擾（行動和噪音）有關的較小剩餘影響。建議植樹和裝置噪音屏障能有效地將這些影響減至最低。總之，當實施建議的紓緩措施和對魚塘進行了1:1的補償措施後，來自后海灣幹內的生態的剩餘影響會是較小而且是可接受的。
沿建議的幹道有兩種水產養殖：養蠔和池塘養魚。在鰲磡石研究區域內有一個養蠔養殖場。在漁業捕捉方面，在鰲磡石的潮間帶有小規模的網式捕魚作業。這些家庭式的傳統捕魚活動，在香港其他地方已很少見。
后海灣幹線的建設要求恢復0.73公頃的魚塘，這佔研究區域內總池塘面積的大約10%，包括正在使用和不使用以及廢棄的池塘，當中只有一個魚塘將永久性地損失。
總之，漁業的影響將會是微不足道的。
后海灣幹線遠離任何具有歷史價值的建築物。在建議的土地收回界線內，具有歷史和文化價值的主要家族墓地都沒有受到影響，同時應保護那些與村落文化有關的重要墓地。擬建的路線已考慮到那些受確定的墓地和墳地。路線會避開重要的鄧氏和陳氏墓地。只有准許殮葬第22區將受到影響，在將來的十號幹線項目中，這些墓地是需要進行搬遷的。
另外，已確定在后海灣幹線的直接影響區內或附近地區有四處具有考古價值的文化遺產地點，包括深港西部通道所選擇的著陸點。這四處地點分別為：鰲磡石沙灘、鰲磡石山崗、青磚圍和藍地遺址。后海灣幹線的設計，特別是樁帽地點的設計，應盡可能減少對這四個文化遺產地點的影響。建議對鰲墈石沙灘¡B青磚圍和藍地遺址進行考古調查和搶救性挖掘。由於鰲墈石山崗遺址剛好位於后海灣幹線影響區外，所以應對其保護以免受到來自施工的潛在間接影響。在整個施工期間，與施工有關的設施和活動應遠離該遺址。在完成對所有考古遺址的評估後，建議採用一些紓緩措施以減少后海灣幹線項目所造成的潛在影響。
在施工和運作期間潛在的重大影響，及建議的紓緩措施如下：
景觀影響
在施工期間，將會對林地區域造成中等至嚴重程度的影響。預計會有大約12,000平方米範圍的損失，當中包括果園和植林區。通過移植部分現有的樹木和種植新樹木等措施，就可減低損失。在幹道沿線種植新樹木作為紓解措施後，將會在項目完成時和運作開始幾年後生長起來。預計可將其影響減低到輕微至中等。
在施工期間，由於深港西部通道項目亦施工，將會對紅樹林和泥灘，以及農業、果園和植林區等造成中等至嚴重程度的影響。預計重新種植紅樹林作為紓緩措施後，將會在項目運作開始十年後產生輕微至中等程度的剩餘影響。生態影響評估己對重新植樹的紓緩措施進行了詳細的研究。預計種植新的本地林木，就可減少對農業¡B果園和植林區造成影響。預計在運作開始十年後，其剩餘影響是可以忽略的。
另外，在施工期間，預計將會對沿海鄉村低地和海邊景觀特性產生中等至嚴重程度的影響。考慮到施工的性質，這些特性將會產生永久和不可逆轉的變化。而在運作期開始的第十年，預計這些影響將會維持在中等至嚴重程度的水平。
在擬建的路線範圍內種植總共5829棵樹木。這些樹木包括本地樹林、果園及植林區樹木。當中，建議保留1673棵樹木，移植373棵樹木，及砍伐3785棵樹木。在補償和總體景觀規劃中，建議種植6473棵樹木，其中絕大部分將會種植本地品種。
視覺影響
在施工期間，由於受到深港西部通道連接的幹線施工及鰲墈石村東面臨時工程於施工時所造成的影響，居住在沿海保護區和鰲墈石村的居民將會受到中等程度的視覺影響。因為對該區產生嚴重和永久性的改變，預計其影響將會達至中等程度。
此外，在施工期間，預計將會對新慶村民居及其東面擬建的發展區和西北部未經確定的地區(視覺敏感受體11)，以及藍地村住宅發展區及其東部的綜合發展區(視覺敏感受體12)產生中等至嚴重程度的視覺影響。這些居民將會有直接且近距離地看到施工過程，包括主幹線和藍地交匯處坡道。這些居民將會受到建造在跨度為30至40米的混凝土柱墩上長達5.4公里的高架幹線(大約33米寬的三線雙程主幹)時的影響。橋面的主基準面為29米至41米，其相對高度大約為8米至28米。在公路上面沿著路邊及中線將會裝置隔音屏障。這些隔音屏障中最高的高度為5.5米，延伸段為2.5米的懸臂式屏障，將設置於幹線東邊和沿著藍地交匯處坡道兩旁。另外，在元朗公路拓闊工程中，建議會有額外類似大小的隔音屏障使用。
在施工和運作期間，由於這些地區將產生巨大的變化，所以紓緩這些影響是很困難的。建議的隔音屏障使用視覺面板後，將會降低整體結構的視覺體積效果。不過，這會增加道路橋面、坡道和柱墩的質量。此外，使用視覺面板後，會受到陽光反射作用而產生眩光後果。預計幹線的建造將會加重對這些視覺敏感受體所產生的視覺影響。亦預計十號幹線的道路結構和大量的斜坡切面將會增加視覺環境的影響。
后海灣幹線工程將於2006年中期完成。由於在未來洪水橋新發展區中所確定的視覺敏感受體將不會在后海灣幹線完成前建造，所以預計這些視覺敏感受體不會受到施工期的影響。但在運作期間，洪水橋新發展區的民居和社區設施(視覺敏感受體5)、洪水橋新發展區擬建的鄉村式發展和社區設施(視覺敏感受體6)、新慶村東部發展區及西北部未經確定的地區(視覺敏感受體11)、藍地村的住宅發展區及其東部的綜合發展區(視覺敏感受體12)和臨近后海灣幹線的洪水橋新發展區的休憩地帶等，都將受到中等至嚴重程度的剩餘影響。主幹線的結構和相關的隔音屏障及半密封式的屏障，將會對這些敏感受體造成嚴重的視覺影響。但在種植屏蔽式的樹木和修建土墩等紓緩措施後，就可這些影響減低，但仍會有中等至嚴重的剩餘影響。