昂坪位於西北部水質管制區內之集水地區分區。根據香港水污染管制條例，位於集水地區或郊野公園範圍內的河流／溪澗屬於組別 A 的內陸水域（圖23400/EN/029），而位於集水區或郊野公園範圍以外的河流／溪澗則屬於組別 B 的內陸水域。五個潛在的污水處理及排放方案包括：
(甲) 於昂坪處理，然後於該地經滲水裝置排放；
(乙) 於昂坪處理，然後於集水地區分區或郊野公園範圍內的組別A的內陸水域排放；
(丙) 將污水經輸送管道運往現有或規劃中，於集水地區以外的污水處理設施加以處理；
(丁) 於昂坪處理，然後於西北部或南部水質管制區的海水排放；及
(戊) 於昂坪處理，然後於西北部或南部水質管制區內之組別B的內陸水域及海岸線或沿岸水域排放。
方案 (甲) 並非實際可行的方案，因為該方案需地8,000平方米，而且滲水裝置亦會引致地下水污染。
方案（乙）亦不可行，因為未能確定經過處理的污水內殘留的污染物對人類健康是否有影響。
方案（丙）方面，兩個潛在的污水輸送途徑包括︰（1）將未經處理的污水運往東涌新市鎮污水網，然後轉運至小濠灣污水處理廠，及（2）將未經處理的污水運往現有的大澳污水網，然後於大澳污水處理廠處理。這兩個方案最終被否决，因為污水輸送管道將會穿越集水地區及郊野公園。假若污水從污水輸送管中漏出，這將對此類高度環境敏感的地方構成嚴重的影響。方案（2）被否决的原因亦會於下面“廢水輸送路線”中提及。
至於方案（丁），可以考慮比較低級的處理方法，排放至西北部或南部水質管制區的海水。但是，如上段所述，污水有可能在集水區及郊野公園中滲漏，因此，不論在沿岸水域或海水排放也需要使用比較高級的處理。而且，排放至西北部或南部水質管制區的海水，需要建造延伸的海底排水管。由於挖泥和回填的施工，建造延伸的排水管，可能造成顯著的水質影響。
由於未經處理的污水輸出經過集水區及郊野公園，會造成潛在的環境影響，例如可能對石壁水塘造成污染及對一些重要的棲息地和罕有品種的繁殖地有不利的影響。所以在昂坪就地處理污水是必需的。方案（戊）被選擇作進一步評估，即在昂坪處理，然後於西北部或南部水質管制區內之組別B的內陸水域及海岸線或沿岸水域排放。
已考慮的五種將處理後的廢水從昂坪外排的路線：
· 沿昂坪以東現有的行人徑向東涌排放；
· 沿建議中的吊車路線向東涌排放；
· 由昂坪沿深屈道向深屈排放；
· 由昂坪沿大澳道向大澳排放；
· 沿羌山道向東灣排放。
理論上，那些沿現有道路及不需要加建新連接道的路線是較為可取的。因為相比那些要開闢新道路的路線，這些沿現有公路的路線會對環境造成較少的滋擾。
沿現有行人徑的東涌路線會穿越昂坪具特殊科學價值地點（高度生態敏感地區）及需要收回私人土地。現有行人徑很是狹窄，亦會途經很多障礙物如大石、河流及山丘，令施工相當困難。此路線亦需要建造新的連接道。
吊車路線需要開闢新路，因為在路線的下半段並沒有任何現有道路，開闢新路會對環境造成較大的滋擾。相比其他沿現有道路的路線，吊車路線是較為不利。
向深屈排放的路線不是優選的路線，因為位於水塘取水點下游的深屈河流和山谷是大嶼山地區最重要的生態多樣化地區之一，建造水管將會影響該生態敏感地區。深屈道是唯一進入深屈灣中各個鄉村的進出通道，其絕大部分是單程車道。由於消防處強烈反對封閉深屈道，所以該路線被否決。
相比其他三條路線，大澳及東灣路線都是比較可取的，因為這兩條路線都是沿著現有的雙程路。東灣路線會作為次選因為此路線太接近石壁水塘。東灣路線沿著羌山道，而整段羌山道都是位於水塘集水區內並位於水塘西面的邊界。所以大澳路線被選擇為最可取的方案。但如有需要，東灣路線是可以作為第二可取方案作進一步評估。雖然採用東灣路線會引起由管道洩漏可能對水庫構成水質影響的顧慮，但因為水管是用混凝土包圍保護，水管洩漏的機會很低。加上廢水經過三級處理後，水質很高，因洩漏而引起的環境影響是很輕微的。
選定的方案是：
1. 排放於現有的泵水站出水口附近，該泵水站靠近大澳西面的巴士總站（參見圖23400/EN/032中的位置1）。
由於下列原因，其它排放方案均不理想：
2. 排入靠近消防局橋下的河涌將會受到潮汐的影響（參見圖23400/EN/032中的位置2），排放物將會得到較少的擴散作用；
3. 由於類似以上方案2的原因，其他位於上游的受潮汐影響的排放方案也被否決（參見圖23400/EN/032中的位置3）。應該注意到，與選定的方案相比，方案2和方案3中推薦的位置位於更上游的地方，而在這些地方的水更淺，可以提供的擴散作用就會更小。由於河流有季節性的流量變化，該排放進入河流的方案被否決；
4. 排入大澳舊警署外大澳島西端的海域（參見圖23400/EN/031）需要橫跨大澳河涌，施工需要穿越石仔埗村，並且需要敷設更長的廢水輸送管道；
5. 排入位於番鬼塘西面的海域（參見圖23400/EN/031），該方案沿著鹽田和穿越南涌村和番鬼塘村，並且需要敷設更長的廢水輸送管道。該排放點將會靠近次級接觸康樂活動分區，並且靠近擬建大澳船隻碇泊保護區的防波堤。此方案另外的不利之處是沒有較好的連接道進入排放點；
6. 排放於靠近大澳島北端現有污水排水管：
· 其中的一個方案是廢水輸送管道沿著現有的大澳污水管，且通過大澳鎮，由於在大澳鎮擁擠的鄉村道路存在著施工限制因素，以及需要更長的廢水管道，所以該方案並非可行；
· 另一個方案是在跨越大澳河涌連接至大澳污水處理廠之前，沿著坑尾一條新的鄉村道路，由於該路線需要穿過私人土地和兩個荒置的鹽田，而且在大澳復興研究中已將這些鹽田確定為保護區，同時該方案需要敷設更長的管線，所以該方案被認為是不理想的；
7. 排入大澳污水系統需要將處理過的昂坪廢水與大澳未經處理的污水進行混合。這會導致泵站和污水處理廠的處理效率降低。此外，該方案或者需要在高峰流量時進行廢水溢流，或者需要提升大澳的污水收集幹管的流量，但是如上所述，由於在大澳鎮擁擠的鄉村道路中存在的施工限制因素，所以該方案也是不理想的。