在施工期間，主要的空氣質素影響可能來自工地清理和準備、挖掘和堆填、露天工地的侵蝕、地基和上蓋建築的施工以及建造和拆卸廢物的處理與運輸等所產生的塵埃。而且，在鄰近地區同時施工的后海灣幹線和洪水橋新發展區項目，可能會造成累積的塵埃影響。
建議承建商應採取實際而有效的塵埃抑制措施以減輕建造活動產生的塵埃滋擾。環境影響評估報告中建議的紓緩措施包括每天於施工中的工地灑水兩次，及將未鋪路面的車速限制在每小時10公里以下。另外，在施工時，承建商應遵守空氣污染管制（建築塵埃）條例附錄表一中第一、第三和第四部分內相關的塵埃管制要求。
當採取了有效的塵埃管制措施後，預計施工期間將不會產生不良的塵埃影響。在採取紓緩措施的情況下，位於新圍污水處理廠和廈村污水泵房附近空氣敏感受體的懸浮粒子總量最高累積水平預計為空氣質素指標上限的87%。
在運作期間，主要的空氣質素影響將會是新圍污水處理廠改善和擴建工程及廈村污水泵房擴建工程潛在的氣味排放。本環境影響評估報告中提出了氣味紓緩措施。在新圍污水處理廠內的氣味源（包括細孔隔篩、碎石機、污泥池、固體處理房、污泥脫水房、快速混合絮凝池及一級沉澱池等）將會放置於建築物内或密封，以避免氣味直接排放至空氣。在排放至空氣前，氣味源釋出的氣體將由通風系統收集至除臭裝置，而除臭裝置的硫化氫去除率需要達到96%或以上。
至於廈村污水泵房，建議將現有和新建濕井排出的氣體由通風系統收集至除臭裝置進行處理。除臭裝置的硫化氫去除率需要達到97%或以上。
在施工期間，工程的噪音影響將會來自新圍污水處理廠的改善和擴建、廈村污水泵房的擴建和緊急繞流暗渠的施工活動。在鄰近區域同時施工的后海灣幹線項目和洪水橋新發展區項目可能會對本項目造成累積施工噪音影響。
已確認的現有和未來噪音敏感受體均遠離新圍污水處理廠和廈村污水泵房的建造工地。在使用了低噪音施工設備後，預計噪音敏感受體承受的施工噪音水平將會在施工噪音標準範圍内，故此不會產生負面的殘餘噪音影響。
在新圍污水處理廠改善和擴建及廈村污水泵房擴建的運作期間，建議將噪音源放罝於地下或密封於建築物內。而建築物的物料需為隔音量不低於30 分貝的材料（如厚度為300毫米的混凝土）。預計本工程項目不會對現有和未來鄰近噪音敏感受體產生不良的殘餘噪音影響。
與本工程中挖掘、堆填和上蓋建築有關的施工活動可能會產生懸浮粒子濃度很高的場地徑流。故此建議承建商應執行專業人士環保事務諮詢委員會專業守則1/94施工場地排水中建議的紓緩措施。需要建造工地排水系統和處理設施以確保對水質的污染降至最低。承建商亦應向環保署申請污水排放牌照。
通過有效實施以上可行的紓緩措施後，預計本工程項目施工活動中產生的水質影響將降至可接受的水平。
新圍污水處理廠的改善和擴建可以提升現有污水處理設施的處理效率和處理能力。相對於現時只有初級處理的污水，經改善後的污水質量將會有不同程度的提升，而改善效果將取決於最終選定的污水處理方案。預計其殘餘影響將會很小。
如以上2.1 節所述，已確定將化學輔助一級污水處理及消毒的方案(方案2)作為新圍污水處理廠改善和擴建工程的推薦方案。水質模擬結果表明，由於新界西北排水口鄰近水域的潮汐水流擴散特性，經處理的污水將不會對西北水質管制區和后海灣水質管制區的水質產生不良的影響。另外，選用化學輔助一級污水處理及消毒而非生物處理方案將不會影響溶解氧、非離子氨和無機氮總量等的水質指標。而消毒程序將可進一步減少大腸杆菌擴散對水生環境的影響，並符合保護海豚的要求。
本環境影響評估報告亦評估了在下列緊急排放情況下對水質的影響：
Ø
當新界西北排水口/隧道不能運作時，已處理的污水經天水圍明渠排入后海灣；
Ø
當新圍污水處理廠及新界西北排水口/隧道同時不能運作或廈村污水泵房發生故障時，未經處理的污水經天水圍明渠排入后海灣；及
Ø
當新圍污水處理廠不能正常運作時，未經處理的污水通過新界西北排水口/隧道排放。
模擬結果表明，在前兩種緊急排放的情況下，預計污水中的大腸杆菌、無機氮總量和非離子氨會對后海灣内側部分的水質產生短期的不利影響。上述影響與緊急排放的持續時間有關，而當緊急排放停止後，水質狀況將會很快恢復。由於水質敏感受體遠離排放口，所以預計潛在的水質影響將會很小。
新圍污水處理廠改善和擴建及廈村污水泵房擴建的工地準備和地基建築施工活動均會產生一般的建造及拆卸廢物。緊急繞流暗渠的建造將會採用掘坑覆蓋法，預計將會產生一定數量的建造及拆卸廢物。本工程預計將會產生57,000立方米的挖掘物料。由於該些挖掘物料大部份為軟土，故此不適合用作污水處理廠的地基回填物料。當中可於本項目再用及需要棄置的物料數量預計分別為10,600及46,400立方米。另外，預計需要約123,400立方米的外來填料。
如能夠於處理、收集和棄置施工期間所產生的廢料時實施適當的紓緩措施，預計其殘餘影響將會降至可接受的水平。要有效將措施實行，應規定承建商將廢物管理計劃包括在施工合約內，使上述的廢物管制紓緩措施得到強制性的實施。同時必須實施環境監察和審核計劃以確保在施工期間產生的各種廢物將會按既定的程序進行處理。
改善及擴建後的新圍污水處理廠於運作期間產生的污泥應脫水至含固量達30%以上，然後運往堆填區棄置。將來新圍污水處理廠的操作人員應盡可能與紫外燈供應商/製造商安排將已用的紫外光燈回收及再用，並且應盡量小心避免弄破紫外光燈及讓污染物洩漏。
根據目前的設計，廈村污水泵房的擴建工程將全部位於目前廈村污水泵房的範圍內，不需要佔用額外的土地。故此潛在的土地污染影響很小。
就新圍污水處理廠擴建工程而言，絕大部分的擴建工地為北邊的兩個魚塘和東邊的貨櫃場。根據在兩個魚塘位置的過往及現在的土地使用資料，預計沒有土地污染的問題。
至於東邊貨櫃場的位置，以前是農業用地和魚塘，自九十年代初起被改建為貨櫃場。該區域範圍內的土地污染問題相信與車輛和設備的維修及修理活動有關。在新圍污水處理廠擴建工程範圍西邊相連的露天儲存區域亦發現類似的潛在土地污染。
長期的污染問題威脅后海灣敏感的生態系統。香港特別行政區政府正計劃持續地減低對后海灣的污染負荷。元朗及錦田污水收集整體計劃報告中指出，需要為未有污水設施的鄉村和新發展區提供污水收集網絡，以及將元朗和錦田的污水排放點從后海灣轉移到有較好沖刷力的龍鼓水道(環保署
2001)。本工程項目是該計劃的重要組成部分。
在雨季和旱季進行的實地調查中，於臨近工程地區內所記錄到的動植物一般都屬於低保育級別和耐滋擾類型的。工程周圍的棲息地大部分是人造的、高度分散的和受到滋擾的。本工程將導致低生態價值棲息地的永久損失，所以生態影響很小。本工程將會大幅度地改善國際公認為重要的后海灣水質。在排放口的周圍及沙洲和龍鼓洲海岸公園，非離子氨可能會有輕微的增長(1%)。然而，該變化將會是很小的。相反，該處的大腸杆菌數目將會因本工程而大幅下降。總括而言，本工程對生態價值的總體影響將會是正面的。
根據現有的資料並附以最近的商業漁業資源調查，證實相對香港其它捕魚區，本研究區域内的漁業資源既不豐富，亦欠缺很高的價值。
對漁業資源和運作的潛在影響將會來自漁塘的永久性損失及水質的轉變。由於與香港的整體資源相比，漁塘所佔的比例很小，所以預計由該工程造成的漁業資源永久性損失對香港漁業的影響將會是十分輕微的。由於水質的變化大部分是正面的，所以預計對漁業資源不會造成不利的影響。在西北水質管制區，較強的潮汐沖刷率將會有效地稀釋和擴散從已改善的新圍污水處理廠排放的污水。
文化遺產影響評估已確定在新圍和廈村地區內存有重要文化遺產的遺址，包括位於新生村具歷史價值的建築物和位於祥降圍的新石器時代和近代歷史的遺蹟。另外，位於掃管仔和孝子山的兩座墳墓可能是戰前墳墓。
由於具有潛在考古重要性的祥降圍可能會受到緊急繞流暗渠方案3路線的侵蝕，所以從文化遺產保存的角度考慮，將不推薦路線方案3。
位於新圍和廈村地區被確定的歷史建築物和戰前墳墓將不會受到本工程的直接影響。建議工程倡議人應採取適當的紓緩措施，以保護潛在文化遺產免受來自施工活動的任何潛在的間接影響。
在新圍污水處理廠和廈村污水泵房擴建工地內，在施工期間預計會有栽種地的暫時性損失。在現有廈村污水泵房的周圍，預計需要搬遷約三十棵包括刺槐和桉樹兩個樹種的景觀樹，以騰出空位進行擴建工程。而視乎在較後時間進行的詳細樹木調查結果，將有可能引入較佳品種的樹木以增強目前屏蔽式樹林的作用。此外，在建造工程設施完成後，建議補償性種植，這樣可以在工地四周形成個更密和更有效的屏蔽式樹林。景觀影響的淨損失有0.19公頃的混合林地，及0.33公頃的草地和灌木。
至於新圍污水處理廠，將要回填一個魚塘，並且預計需要搬遷種植在魚塘塘堤上約五十棵樹木，以騰出空位以進行改善和擴建工程。而視乎在較後時間進行的詳細樹木調查結果，將有可能在現有新圍污水處理廠周圍建議設5米寬的樹木栽種區，並移植較佳品種的樹木以增強目前屏蔽式樹林的作用。在工地四周種植樹木將可以遮蓋鄰近工地一部分有礙景觀的貨櫃場，產生良好的影響。景觀影響的淨損失有0.01公頃的草地及1.75公頃的魚塘；而景觀影響的淨增值有0.55公頃的混合林地。
除了建議補充栽種樹木以外，本環境影響評估報告亦提出以下的環境紓緩措施以改善景觀和視覺的影響：
Ø
將公用設施的路線與項目範圍的現有樹木和工地邊界分開；
Ø
在要保留的現有樹木的周圍，豎立保護籬笆，防止在施工期間被破壞；
Ø
於工程範圍內儲存品質良好的面層泥土以便於屏蔽式種植及噴草工程時將這些泥土再用；
Ø
為新建的設施選擇低調的色彩，以助這些設施與周圍的景觀融合在一起。
預計實施上述建議的紓緩措施後，本工程施工和運作期間所帶來的殘餘景觀和視覺的影響將會是可以接受的。