本工程項目在施工和運作期間可能會產生下列環境影響：
· 塵埃及氣味滋擾；
· 緊急情況下未處理的或處理的污水排放和隧道維護時處理的污水排放對水質可能造成的影響；
· 拆建及建築廢料和新增的淤泥量所引起的固體廢物管理事宜；
· 施工和營運階段所造成的噪音影響；及
· 毗鄰船灣堆填區有關的沼氣風險。
下文各節將會摘要闡述是項研究的評估方法、主要結果和建議。
塵埃及氣味將會是本工程項目影響空氣質素的主要問題。顧問對擬建的新設施可能造成的環境影響，以及聯同現有設施所產生的累積影響，進行了全面評估。各污水處理過程的氣味釋放率，是以恰當的實驗方程式估量﹔氣味的擴散情況，是運用AUSPLUME模型模擬，藉此預測易受空氣污染影響的受體在最壞情況下所受到的影響。
顧問通過一項定性評估以了解本工程項目在施工階段可能造成的塵埃滋擾。由於有關工程的施工規模不大，預計不會對易受空氣污染影響的受體造成顯著的塵埃影響。施工將會按照是次研究的建議和《空氣污染管制（建築塵埃）規例》所指定的緩解措施作出安排。本報告建議實施一項環境審核計劃，以確保施工期間有效地實施有關的管制措施。
顧問根據氣味模型模擬結果，建議了多項緩解措施。根據建議，污水處理廠的機械隔篩設施、砂礫清除器和入水槽均應加以覆蓋。各種淤泥設施，包括引力淤泥濃縮池、淤泥消化池出口槽、淤泥固結池、隔濾設施和淤泥泵房的儲水缸等，均應加以覆蓋封閉，確保不會洩漏氣味。覆蓋範圍內有氣味的空氣會先通過除味器，然後才排進大氣中。第一/二期及第四期污水廠的一級沉澱池所產生的氣味，可以通過覆蓋出水槽部份加以控制。此外，顧問亦建議在大埔大元的四號污水抽水站，添加化學品(例如硝酸鈣)，以便於污水輸送至大埔污水廠第四期之前，有效地減少污水產生的氣味強度。同時，亦應該對污水廠實施良好的管理，包括經常維修和清潔，藉此減少氣味的產生。預計在實施各項緩解措施後，易受空氣污染影響的受體所受到的剩餘氣味影響，將會符合有關的氣味標準。至於詳細的氣味監察計劃，則在《環境監察與審核手冊》中闡述。
本工程項目可能造成水質影響的事項包括：
· 在正常情況下，大埔污水處理廠按照「吐露港污水輸出計劃」，把處理後的污水經過啟德明渠排入維多利亞港，對維港水質可能構成的影響。
· 在緊急情況下，或當吐露港污水輸送隧道需進行維修時，會把經處理後或未經處理的污水排進吐露港，對吐露港水質可能構成的影響。
對施工階段的評估顯示，只要對工地排水系統進行妥善維修，並採用良好的施工方法，確保垃圾、燃料和溶劑的管理、存放和處理都有妥善安排，一般施工活動對周遭水體只會造成極輕微的影響。顧問建議在本工程項目的施工階段實施一個全面的環境審核計劃，以確保本報告所建議的工地管理方法被切實推行。
顧問運用了Delft3D的三維模型以模擬本工程項目於營運階段對維多利亞港和吐露港的水質可能造成的影響，並以一整年的定量模擬結果作為評估水質影響的依據。評估的年份是2003年（基線）、2010年（第一階段營運）和2016年（全面營運）。
有關維多利亞港的模擬，縱然所採用的參數均屬保守，但基線情況和營運情況下的水質模擬結果互相比較顯示，大埔污水處理廠在正常情況下不會對維多利亞港的水質造成不良影響。
在正常運作情況下，大埔污水處理廠（和沙田污水處理廠）經淨化後的污水都會經由泵房及吐露港污水輸送隧道排放到維多利亞港。在2010年本工程項目第一階段營運時，上述泵房偶爾會出現滿溢情況，以致小部份經處理後的污水排進吐露港，此情況只會在暴雨時才有機會發生，且模擬結果顯示其對吐露港的影響僅屬輕微。在2016年本工程項目全面運作時，上述情況將有可能增加，為此環境保護署已計劃把現有的大埔已處理污水抽水站的擴建工程納入工務計劃中，以防止對吐露港造成影響。
對吐露港而言，非正常情況下主要考慮的情況有兩方面﹕在維修吐露港污水輸送隧道時所排放經處理後的廢水，和於緊急情況下排放未經處理的污水。模擬結果顯示，縱然採用較保守的假設及參數，吐露港中污染物濃度亦只會短暫增加。另外，吐露港污水輸送隧道的維修預計只會每五年進行一次﹔模擬中假設隧道的維修時間為四星期，但在實際的情況下維修時間會盡可能縮短，而維修工程亦將盡可能安排於污水流量少的時期或冬季進行，以避免遇上藻類繁生的季節（即四月至六月）。至於緊急情況，根據渠務署紀錄，過往十年只曾發生一次為時三小時以下的未經處理的污水排放，是進水設施停電所致。為進一步減低此等情況的發生，本工程項目會設置雙重或環型電力供應系統和後備污水處理設施﹔從而將出現緊急污水排放的可能性減至最低。
儘管污水處理廠在吐露港的排放並不頻密，顧問擬定了一個緊急事故應變計劃，務求令本工程項目對吐露港水質構成的影響減至最少，並促進緊急情況的事後管理。而渠務署和水務署的緊密聯系，亦是避免海水抽水站受到不良影響的有效方法。顧問預期當配合建議中的緩解措施，本工程項目不會帶來不能克服的水質影響。
報告建議實施一套環境監察與審核計劃，以便收集本工程項目啟用之前和之後的水質資料。監察的結果會被用作參考是否需要實施進一步的緩解措施，務求能夠避免、糾正和消除本工程項目啟用後對環境有可能造成的損害。
為了能夠妥善管理本工程項目在施工和營運階段所產生的各種廢物，顧問識別了廢物的可能來源，並評估它們可能造成的影響。施工時可能產生的廢物包括大埔污水處理廠現址的地盤平整工程和拆卸工程所產生的拆建廢物，以及工作人員所產生的一般垃圾。若能採用認可的方法來處理、運送和處置這些廢物，並遵守本報告所建議的良好施工方法，預計本工程項目不會對環境產生不良的影響。
由於本工程項目位處於船灣堆填區的250米諮詢區內，顧問對堆填區沼氣風險進行了一次詳細的定性評估。結果顯示，整體的堆填區沼氣風險屬於偏高。然而，若能妥善地實施本報告建議的防預措施，在有關範圍內的人員的健康和安全都會得到保障，而本工程項目亦不會對環境構成負面影響。
顧問評估了本工程項目所產生的噪音對工地附近的易受噪音滋擾受體可能造成的影響。評估結果顯示，若能採用低噪音器材和良好施工方法，工程將不會超出相關的噪音標準。顧問亦評估了大埔污水處理廠在第五期擴建後在營運期間可能造成的噪音影響，評估結果顯示將不會超過任何日間或夜間的噪音標準。
為了確保在本工程項目從施工至營運階段的各項建議緩解措施確實能夠有效地控制塵埃、氣味、水質、堆填區沼氣風險和噪音等影響，顧問擬訂了一份詳細的緩解措施實施時間表，並建議了一份環境審核計劃，詳細內容在《環境監察與審核手冊》內闡述。