3.1.1
施工對空氣質素可能造成的影響主要會來自挖掘工程、材料搬運、填土活動和風力侵蝕引起的塵埃造成。通過實施「空氣污染管制（建築塵埃）規例」下所訂明的緩解措施和建議的抑制塵埃措施，以及實施環境監察與審核計劃後，塵埃對易受空氣污染的受體影響預計可減至最少。
運作階段
3.1.2
透過空氣質素摸擬方法，評估了運作階段內由車輛所排放的廢氣可能造成的累積空氣質素影響。評估所包括的項目如下：
§
在露天道路上行駛的車輛所排放的廢氣。
§
車輛在下列設施所排放的廢氣：西岸公路隧道、東區海底隧道和鯉魚門隧道的出入口；在匯景花園下的蓋頂道路出入口；沿西岸公路擬建的閉封式隔音罩出入口；在西岸公路／跨灣連接路／P2道路交匯處的連接道路的隧道路段出入口；以及P2道路有上蓋路段的出入口。
§
在西岸公路和東區海底隧道收費廣場附近輪候的車輛所排放的廢氣。
§
從東區海底隧道通風槽和西岸公路通風機樓所排出的車輛廢氣。
§
油塘區工廠煙囪所排放的廢氣。
§
晒草灣堆填區和將軍澳堆填區一期及第二／三期的堆填區氣體燃燒設施所排放的廢氣。
3.1.3
在進行模擬空氣質素時，已考慮建議的路旁隔音屏障和隔音罩所帶來之影響。預測結果顯示，在設置擬議的西岸公路隧道通風系統後（即重置中段通風機樓透過朝上通風槽將西岸公路西行隧道中的90%的廢氣抽出，以及透過位於將軍澳區的東面入口通風機樓的朝上通風槽，把西岸公路東行隧道中70%的廢氣抽出），各個具代表性的易受空氣污染的受體所受到的空氣質素影響，將能附合空氣質素指標。
3.1.4
若能為西岸公路隧道提供一套有效的通風系統，隧道內的空氣污染物濃度將會符合環境保護署所發指引內的規定。
3.1.5
預計在將軍澳堆填區一期南端及靠近第86區所建議興建的污水抽水站裝設高效率的除味裝置後，只會造成較少的氣味影響。由於第85區的現有基本污水處理廠相隔遙遠，因此預計不會造成累積氣味影響。
施工階段
3.2.1
根據評估預測，若能在部份動力機械採用靜音器材和流動隔音屏障，所有具代表性的噪音感應強的地方所感測到的噪音水平，將符合施工噪音標準。
運作階段
3.2.2
已在2016年（西岸公路啟用前）和2031年（西岸公路啟用後15年）兩個交通流量情況最差的年份內，進行了道路交通噪音影響的預測。根據評估，大部份易受噪音感應強的地方所感測到的噪音聲級，都會超出根據「環境影響評估條例」所訂定的「環境影響評估程序技術備忘錄」（以下簡稱「環評技術備忘錄」）中所規定的交通噪音準則。為了紓緩這些交通噪音影響，已建議在新道路採用低噪音道路表面材料、路旁隔音屏障和隔音罩等直接緩解措施。此外，亦建議小心安排建築物的布局和設計，務求盡量減少規劃區內的交通噪音影響。
3.2.3
通過實施建議的緩解措施後，來自新道路的噪音影響預計在某些學校仍然超過有關的噪音指標。由於已經採用所有可用的直接緩解措施，因此受影響的學校可以採用間接的技術補救措施來減低噪音，例如安裝空調和有適當玻璃厚度的窗戶，這些措施是建築署根據【標準學校課室評估文件】所提供的標準措施。
3.2.4
根據預測，擬建的通風機樓和抽水站所發出的噪音水平，若能夠起碼符合這份環境影響評估報告所建議的水平，則這些設施附近的易受噪音感應強的地方所感測到的噪音聲級，將會符合環評技術備忘錄的準則。
3.2.5
為了證實緩解措施的成效，必須監察噪音情況。建議在道路啟用後頭一年內，監察具代表性的噪音感應強的地方所受到的交通噪音影響。此外，亦應該在西岸公路的通風機樓啟用期間監察噪音情況。
施工階段
3.3.1
擬議的工程可能會在施工期間產生短期水質影響，包括可能來自地盤的地面徑流、現場施工工人排放的污水、一般的廢水、挖泥及填土工程，以及由深層水泥混合處理 所造成的影響。以上這些影響可以透過實施本報告所建議的緩解措施加以控制，使它們符合「水污染管制條例」所規定的相關標準。因此預計本工程項目不會對水質造成不可接受的剩餘影響。本報告亦建議進行水質監察，以便核實各項緩解措施的成效。
運作階段
3.3.2
水質模擬結果顯示，縱使把所有污染來源，包括堆填區、非定點地面徑流和來自錯駁的污水渠的污水等累積影響計算在內，擬議進行的西岸公路填海和跨灣連接路大橋建築工程，都不會對將軍澳海灣和維多利亞港的海水水質產生不良影響。
3.3.3
為了盡量減少在東面水道的康樂活動可能受到的影響，已建議在本工程項目中進行渠道改道工程，把兩條現有雨水渠的渠口，從東面水道排放改至在將軍澳市中心南面，藉此增強污染物的消散。模擬分析的結果顯示，在實施建議的渠道改道工程後，東面水道和將軍澳海灣的水質，大致是適合作次等接觸的康樂活動。建議進行水質監察以查證水質模擬的預測。
3.3.4
在緊急情況下在海堤排放污水時，可能會影響東面水道和將軍澳海灣內的水上康樂活動，但預計這些影響只屬短期性質。出現這種情況的可能性亦是很低。然而，若在此情況發生，將軍澳初級污水處理廠的營運者便應該與環境保護署和康樂及文化事務署緊密聯絡，確保能夠採取適當行動，停止東面水道和將軍澳海灣的水上康樂活動。在這種情況下，應該進行水質監察，以決定在何時重新開放東面水道和將軍澳海灣作康樂用途。預計在緊急情況下的臨時排放污水，不會對這些康樂活動的水質造成不可緩解的影響。
3.4.1
研究亦對現有和已落實興建的排污基礎設施在將軍澳全部發展完成後的最終情況下，進行了效能評估。結果顯示，在最終情況下，各種流量在高峰情況下都沒有污水溢流的風險。根據「淨化海港計劃之環境及工程可行性研究」，將軍澳初級污水處理廠和淨化海港計劃第一期的將軍澳至觀塘段污水排放隧道，已經足以應付區內最終的污水流量。本工程項目將不會對淨化海港計劃造成任何容量限制，原因是規劃中的未來發展會令最終的人口數量和污水流量比預期減少。
3.5.1
為了確定評估地區的生態狀況，已檢閱有關文獻及進行了為期六個月的生態調查，當中包括雨季。由於擬議發展地區大都是已受高度干擾的市區，因此陸地生態影響的評估工作，主要集中於三個地區，這些地區的陸上生態敏感受體預計會受到直接或間接的影響。
3.5.2
這些評估地區內主要是生態價值較低的生境，包括荒地和已開發區。具保育價值的生境包括百勝角評估區內具中高生態價值的次生林地，以及在將軍澳區西岸公路沿線和百勝角評估區內具中等生態價值的河流生境。
3.5.3
在最近評估區內所進行的調查中，記錄到四種具保育價值的植物。雖然這些品種都是香港較常見的植物，但都是受到香港或中國大陸的法律保護，或被認為是區域性或全球瀕危的植物。
3.5.4
評估區內亦記錄到多種具保育價值的動物，包括一種魚、兩種爬行動物、兩種哺乳類動物、一種淡水無脊椎動物和十三種鳥。當中最特別的，是一種在將軍澳華人永遠墳場下的一條小溪中發現，名為菲律賓枝牙鰕虎魚Philippine Neon Goby (Stiphodon artopurpureus) 的魚。西岸公路評估區內亦曾記錄到具區域性保育價值的雕鴞 (Bubo
bubo)。雖然最近的調查並沒有發現，但這種鳥類可能仍在評估區內生活。
3.5.5
由本工程項目建議的發展項目對陸地生態所造成的直接影響，將會局限於小片只具低生態價值的生境；而對具中高生態價值的次生林地或中等生態價值的河流，預計不會造成直接影響。至於由擬議工程所導致的生境損失，則只會造成輕微和可接受的生態影響。
3.5.6
本工程項目所建議的工程，會直接影響兩種具保育價值的植物（小果柿 (Diospyros vaccinioides) 和竹葉蘭 (Arundina chinensis)）的個別植株。建議在施工前，將受影響的植物移植至附近位於擬議工程地區外的適合生境中。
3.5.7
預計在評估地區內大部份具保育價值的動物都只會受到輕微影響。在區內所記錄到的品種當中，大都是市區／已發展區常見，而並非特別易受滋擾的種類（例如黑鳶 (Milvus lineatus)）。至於其他品種（例如松雀鷹 (Accipiter trivirgatus)）則距離建議工程區頗遠，因此不會受到施工或運作階段的活動影響。記錄中的部份鳥類（例如黃鸝 (Oriolus chinensis)）只是偶然見到的候鳥，並不會受到擬議工程重大影響。
3.5.8
若不實施任何緩解措施，西岸公路附近小溪中所發現的菲律賓枝牙鰕虎魚(Philippine Neon Goby)群落將會受到重大影響。雖然預計河流生境不會受到本工程項目的直接影響，但將軍澳海灣內為提供西岸公路所需土地而進行的填海工程，將會令幼年枝牙鰕虎魚可能會出沒的生境消失／受到干擾。報告因此建議了一些措施，可以在施工階段保護已成長的魚類，並在運作階段為河流提供通往海洋的適當通道。
3.5.9
報告建議了多項措施，令本工程項目可以避免、減少和彌補各種已知的生態影響。預計在實施這些建議緩解措施後，本工程項目的擬議發展計劃對陸地生態所造成的剩餘影響，均屬生態上可接受的程度。
3.6.1
研究中已檢閱有關現有海洋生態狀況的文獻，並對評估區的海洋生態資源進行了實地調查。調查是在2004年5至10月期間進行，為時超過六個月。受西岸公路填海工程和跨灣連接路建築工程影響的海洋生境，一般都只具有偏低的生態價值。石質和沙質海岸生境的生態價值都屬於中等偏低。人造海堤的生態價值更被列為十分低。將軍澳海灣的軟底潮下生境的生態價值屬於偏低。位於擬議填海區的照鏡環山海岸只有稀少的常見硬珊瑚和零星的軟珊瑚和柳珊瑚，因此該處海岸只具有偏低的生態價值。
3.6.2
西岸公路的填海工程會直接導致1公里的天然石質海岸和0.2公里的沙質海岸永久消失。共有16.5公頃的潮下生境會永久消失，其中大部份（16.3公頃）是因為西岸公路的填海區造成，另外亦有小部份（0.2公頃）是由於建造跨灣連接路的橋墩。本工程項目已經在顧及各種工程限制和其他環境因素限制（例如西岸公路填海工程的視覺影響等）的情況下，盡量避免和減少影響海洋生境特別是天然海岸線。這些生境所受到的直接影響，大都會透過建造一條斜坡式堆石海堤所能提供的補償而加以緩解：該海堤會為石質潮間生物群落和珊瑚群落提供一個適宜重新聚集的生境。本工程項目所採用的施工方法會令挖泥工程的規模相對較小，需時約一個月。根據水質模擬的預測結果，本工程項目將會符合有關懸浮沉積物和溶解氧濃度的水質指標。預計在實施報告所建議的水質及海洋生態緩解措施後，本工程項目對毗鄰的硬底潮下生境（當中有稀少的硬珊瑚和一些軟珊瑚及柳珊瑚），只會造成偏低的間接影響。
3.6.3
根據海洋生態影響評估結果，將軍澳海灣並非海洋哺乳類動的重要生境。距離將軍澳最近的發現活江豚 (Neophocaena
phocanoides) 地點是在東龍洲以南約2公里。預計海上交通的增加、噪音滋擾和水質影響等，都不會對海洋哺乳類動物造成重大影響。
3.6.4
總結而言，本工程項目所造成的剩餘海洋生態影響，屬於輕微和可以接受的程度。
3.7.1
研究中已檢閱了相關的文獻，務求得悉最新的資料，以便確定本工程項目對漁業可能造成的影響。
3.7.2
與本港其他捕魚場相比，將軍澳海灣內的魚獲量屬於偏低至中等，而且大都是只具偏低商業價值的品種。因此，將軍澳內灣的捕魚場只具偏低的商業價值。在本工程項目附近唯一發現對漁業影響敏感的受體，是位於東龍洲的魚類養殖區。
3.7.3
擬議進行的西岸公路填海工程和跨灣連接路建築工程，會直接導致將軍澳內灣約16.5公頃具捕魚潛質的海域消失。據估計，這片海域的消失對香港整體的漁獲量只會造成輕微影響。
3.7.4
若能實施環境影響評估報告所建議的所有保護水質的緩解措施，便無需為保護漁業資源而實施任何特別緩解措施。同樣地，為確保水質不受影響而在工地進行的的審核工作，亦能夠保護漁業資源。因此，無需為漁業進行特別的環境監察與審核計劃。
3.8.1
根據環評技術備忘錄附件10的闡述，本工程項目所造成的景觀和視覺影響，在實施緩解措施後都屬於可以接受水平。雖然景觀資源（將軍澳海灣西面的天然海岸線和沿岸地貌，以及將軍澳內灣的景觀特色區）會受到重大的剩餘影響，但本工程項目的現行設計，已經盡量縮減填海範圍，並已設法確保其他有價值的資源不會受到滋擾，當中包括沿岸的珊瑚區。
3.9.1
西岸公路第一期填海的挖泥量估計約達二萬立方米。預計在實施本報告所建議的緩解措施和環境運輸及工務局技術通告第34/2002號所規定的管理程序後，本工程項目不會有剩餘影響。
3.9.2
施工活動可能產生的其他廢物，會包括建築及拆卸物料（來自地基、挖掘及隧道工程）、由施工工人所產生的一般垃圾，以及在維修建築機器設備時所產生的化學廢物。若能以被認可的方法來處理、運輸和棄置這些已知的廢物，並嚴格遵守本報告所建議的良好施工方法，將不會對環境造成不良影響。至於運作階段，規劃中位於百勝角、市中心南部和調景嶺其餘地區等新發展區內的住宅用地，將會產生家居廢物，這些廢物會被運送至新界東南堆填區。
3.10.1 根據計算結果，若可被生物降解的總有機碳含量為75%（屬最差的情況），估計西岸公路填海區所散發出的甲烷會比所有相關的評估準則低得多。因此報告認為，產生甲烷氣的可能性，並不足以對擬議進行的西岸公路填海工程造成發展限制。
3.10.2 此外，擬於西岸公路填海區內建造的公路和收費廣場並非易受沼氣滋擾的受體。由於建議中的收費廣場行政大樓並沒有地庫，因此，縱使有沼氣排放的潛在風險，亦只屬非常有限的程度。
3.11.1 根據海洋考古和海洋地質的基線情況調查結果，研究中發現一處表面異常，有潛在考古價值的地點，位於跨灣連接路其中一個橋墩附近，可能會受到本工程項目直接影響。在本工程項目的詳細設計階段，應該派出潛水員進行實地視覺調查，所覆蓋的範圍應該包括表面異常的地點，以及海洋地質調查所沒有覆蓋的可能填海地區。
3.11.2 研究區內並沒有發現任何戰前家族的遺蹟，或值得注意的風水佈置，例如風水林和池塘或歷史古道，或其他具歷史價值的遺蹟。已知的十四座值得注意的建築物和結構，都位於本工程項目的範圍外，因此不會受到直接影響。然而，茶果嶺天后廟距離擬議中的茶果嶺迴旋處工地不足50米，因此可能會在本工程項目進行施工時，受到塵埃和震動等間接影響。為了防止茶果嶺天后廟在施工階段受到損壞，應該在廟宇四周以圍板圍成一個臨時緩衝區（預留公眾通道），並在施工期間在廟宇進行影響監察。
3.12.1 將軍澳堆填區一期及二／三期，以及晒草灣堆填區對擬議工地可能造成的氣體風險，進行了定性風險評估。評估結果顯示，該三個地區的整體氣體風險屬於中等。
3.12.2 為了盡量減少擬議工程地點在施工和運作階段的堆填區氣體風險，已建議了多項適當的保護措施，以便擬議工程在施工階段及／或運作階段的適當時候予以實施。
3.12.3 若能妥善地實施各項建議保護措施，便能夠保障工地上工作人員的健康和安全；而本工程項目亦不會受到任何不良影響。
3.13.1 通往擬建的危險貨品車輛渡輪碼頭車輛輪候區的道路，需要進行修改工程（因為是次研究建議興建兩條連接T2幹道的支路）。已評估了有關工程對生命可能構成的危險。
3.13.2 評估結果顯示，兩條擬議支路會對危險貨品車輛渡輪碼頭的四周環境造成三項改變，但因為下列情形而不會令該碼頭的風險水平出現顯著改變：(1) 該碼頭附近地點的現有性質（存在經常出現的火源）；(2) 與先前的評估比較，擬建的支路的總人口只會輕微增加。此外，與先前的評估所顯示的情況一樣，本工程項目的估計風險水平，與可接受的社會風險水平上限之間，尚有一段可以讓人安心的距離。因此，該兩條擬建支路所造成的改變，不會令本工程項目違反有關的風險指引。故此，有關危害生命的考慮，並不會令本工程項目不可行。
3.13.3 此外，是次研究所考慮的情景（即把現有的危險貨品車輛渡輪碼頭遷移至茶果嶺，靠近支路S1和S2），是基於一項假設，即：啟德機場跑道附近海域都將被填平。而且，主幹道T2和危險貨品車輛渡輪碼頭，都會在規劃署的東南九龍發展全面規劃及工程檢討中加以檢討。因此，若要遷移現有的危險貨品車輛渡輪碼頭，便應該由東南九龍發展計劃的工程項目倡議人進行定量風險評估，以證實有關工程是否符合相關的風險指引。
3.14.1 本工程項目在環境監察與審核方面的規定，已經在環境監察與審核手冊中說明。該手冊詳細闡述了多項建議實施的計劃，用以監察基線情況和符合相關標準的情況；還有多項成效規定、審核規定和監察程序。