南丫發電廠總發電量為3,420兆瓦，分別為三台250兆瓦及五台350兆瓦燃煤機組，一台365兆瓦燃油聯合循環機組，及一台55兆瓦及四台125兆瓦燃油氣輪發電機組。最近期的三台350兆瓦燃煤機組，即第六，七及八號機組已裝設有烟氣脫硫裝置。建議中的加裝工程會包括安裝烟氣脫硫效率達百分之九十的烟氣脫硫系統於第四及五號350兆瓦燃煤機組，從而減少南丫發電廠總二氧化硫排放。
現時第四及五號機組鍋爐烟氣是經高210米的煙囱直接排放到大氣。是項加裝工程將現有第四及五號輕油缸（每台為250立方米）拆卸及將在鍋爐前相關的管道改位，務求騰出空間供第四及五號機組安裝烟氣脫硫裝置。圖2.1及2.2顯示擬建烟氣脫硫裝置的位置及流程。
鍋爐烟氣會被引入到烟氣脫硫吸收塔內與石灰石漿發生化學作用，除去烟氣中的二氧化硫。經處理的烟氣會由烟氣加熱器加熱至80oC ( 鍋爐額定功率 ) ，再送到現有的烟囱排出。
現時第六，七及八號機組烟氣脫硫裝置的共用石灰石/石膏儲存及處理裝置在設計上基本可滿足五台350兆瓦機組，建議中第四及五號機組烟氣脫硫裝置加裝工程的新增設備只會局限於擴建現時的石膏脫水系統。
建議中的烟氣脫硫系統加裝工程將安裝的新增設備，包括:
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兩台吸收塔及相連管道
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兩台增壓風機
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兩台烟氣加熱器
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烟氣脫硫開關裝置及設備大樓
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石膏脫水系統，包括兩台旋流器及真空帶式過濾器
這項建議中的烟氣脫硫裝置加裝工程的預訂竣工日期如下:
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第四及五號輕油缸拆卸工程動工 2006年 4月
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土木工程動工 2006年 9月
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第五號機組烟氣脫硫裝置安裝 2007年 10月
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第四號機組烟氣脫硫裝置安裝 2008年 8月
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第五號機組烟氣脫硫裝置開始運作 2009年 7月
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第四號機組烟氣脫硫裝置開始運作 2010年 4月