下文摘述了本工程項目在施工和運作階段造成的環境影響性質和範圍。
兩個地面儲油缸（4號及5號輕油缸）及相關的油管及一個隔油池將會清拆提供空間作安裝烟氣脫硫裝置。污染評估計劃書已經預備及在2005年11月得到環保署審核並已在油缸及隔油池附近地方進行土地勘察。土地勘察的結果顯示在其中一個土壤樣本及五個地下水樣本的石油碳氫化合物（TPH）超過荷蘭礦物油“Ｂ”等的標準。相關的調查已經在污染評估報告及整治計劃書內詳述（見環評報告的附錄）。因此在整治計劃書內建議一系列針對石油碳氫化合物污染的整治方法及程序。
若進行在整治計劃書內建議的整治方法，預計本工程在施工階段不會造成土地污染。
塵埃影響是施工階段的主要影響。清拆現有的的４號及５號輕油缸﹝250立方米儲存容量﹞及烟氣脫硫裝置加裝的相關土木工程是本工程項目的主要建築工序。由於工程項目規模細小及在工程中會執行空氣污染管制（塵埃）條例內的滅塵措施，因此預計不會產生塵埃影響。並且，在工地上只有有限數量的建築機器同時運作，因此建築機器也不會對空氣質素造成不良影響。
運作階段的空氣質素評估是參考以前從風洞模型收集的數據作重新評估，結果確定南丫發電廠L4及L5機組加裝烟氣脫硫裝置後，在最壞的情況下，在研究範圍內的大部份空氣敏感受體（ASRs）的二氧化硫濃度將會有明顯減少。
加裝烟氣脫硫裝置亦會帶來其他對環境有好處包括由烟氣脫硫裝置的濕式洗滌器減低顆粒性物質的排放。
本工程項目不會增加或減少氮氧化物的排放。但改變廢氣排放的參數可能導致電廠附近環境中的氮氧化物會有重新分佈。加裝工程後的累積二氧化氮濃度在環評中已作評估並證明在所有空氣敏感受體（ASRs）能達致空氣質素指標。
根據影響評估結果，南丫發電廠現行的環境監察計劃已經可以涵蓋本工程項目，因此將不需要額外的環境監察及審核措施。
在施工階段，地面涇流及工人所產生的生活污水可能產生水質污染，評估結果顯示只要進行所建議的緩解措施，施工工序將不會引致不能接受的水質影響。
由石膏漿脫水過程所產生的濾液可能會造成水質污染。但現時的污水處理系統有足夠的備用容量承接因擬議加裝工程所產生的額外污水，因此，預計由污水處理系統排至煤灰湖的污水將會符合煤灰湖潷水塔的水質污染管制條例內的牌照要求。因此在加裝烟氣脫硫裝置後之運作並不會對水質造成影響。
根據影響評估結果，南丫發電廠現行的環境監察計劃已經可以涵蓋本工程項目，因此將不需要額外的環境監察及審核措施。
於建築期間所產生廢物的主要影響包括拆建物料、開鑿物料及建築廢物的管理。實行所建議的緩解措施將使儲存、處理、收集、運送及棄置廢物時所產生的潛在環境影響符合環評條例中的標準。
所有額外產生的石膏（每年產生約46,000噸）及淤泥（每年產生約1,200噸）將會於香港及／或中國再用，而無須棄置。只要實行所建議的緩解措施，因兩台新的烟氣脫硫裝置運作階段所產生的少量工業及化學廢物的儲存、處理、收集、運送及棄置，將不會造成潛在的環境影響及符合環評條例中的標準。
因此，預計於建築及運作期間的廢物處理將不會產生任何影響。
建議工程屬於小型的加裝工程。再者，由於週遭的民居受到中間的山脊（禽蟧磡）及現有設備所阻擋，並加上週遭的民居和工程相距甚遠，建築階段所產生的噪音影響將不會對居民造成影響。為了確保能控制在易受噪音影響的受體的建築噪音符合有關的標準，建議在施工階段，實施良好工地管理及噪音管理。
根據最壞情況，附加的設備所產生的噪音符合噪音標準，並不會對現時南丫發電廠運作階段的噪音構成累積影響。因此，加裝工程所產生的噪音將不會造成不能接受的環境影響。
並且大部份有關本工程的噪音源將個別加上隔音罩以達致減低對環境的噪音影響。
預計於建築及運作階段所產生的噪音影響極輕微，故這工程並不需要附加的噪音監察。
所建議的加裝工程對週遭景觀將不會有任何負面的影響，亦非常不顯眼，因為：
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所建議的加裝工程是在現有的工業設施中進行；
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對於週遭的景觀範圍並無影響；
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新的建設將會被加以修飾以配合周圍現有的工業環境；
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加裝工程的規模相對較小，故此不顯眼。