東部水域
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在果洲群島棲生的柳珊瑚
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香港東部水域涵蓋三個水質管制區，其中包括吐露港及赤門海峽水質管制區、大鵬灣水質管制區及牛尾海水質管制區。吐露港及赤門海峽水質管制區受陸地環繞，只有一道狹窄的出口流入大鵬灣。牛尾海亦位於多個小島和海灣之中，但比吐露港較為開豁，水流沖刷能力亦較強。大鵬灣水質管制區毗連深圳經濟特區，其內灣涵蓋吐露港及牛尾海以東的水域，而南面的外灣則與海洋水流交匯，水深而清澈。東部水域水質普遍良好，區內有多種海洋生物棲生，包括海綿、珊瑚及300多種珊瑚礁海洋生物。
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大鵬灣印洲塘海岸公園
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東部水域有三個區域屬憲報刊登的「次級接觸康樂活動區」，作為帆船航行、滑浪風帆及海上活動的地區。這些水域分別位於牛尾海、吐露港和大鵬灣內的三個分區。此外，東部水域也設有三個受保護的海岸公園，保護海洋生態環境防止受人類活動影響，另外東部水域共有21個魚類養殖區。鹽田港是位於大鵬灣北部沙頭角深圳境內的一個新的大型貨櫃起卸港，於近年開始使用。
吐露港及赤門海峽水質管制區
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吐露港溶解氧、水溫及鹽度典型分層剖面圖
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吐露港由於大部分受陸地圍繞，只有一個狹窄的出口，因此水體循環能力薄弱，特別是在吹東北逆風的情況下，水流出海進一步減弱。鑒於這兩個原因，吐露港內的污染物很難隨潮汐帶出港外而被稀釋，另外夏季港內常出現海水溫度和鹽度分層現象，妨礙水團混和，容易導致海底缺氧情況(溶解氧低)。
1986至2001年間，隨 沙田及大埔新市鎮的開發，吐露港集水區的人口從50萬增至90萬，增長幅度近一倍。人口急劇上升，吐露港區內由沙田及大埔污水處理廠處理的廢水量亦隨之激增。雖然大部分廢水經過二級處理，但因廢水量增加而使總營養物量大幅上升，對吐露港養分吸收能力形成極大的考驗。八十至九十年代內，吐露港經常出現紅潮(或藻類蔓生)現象，1988年一年裡更錄得40多次紅潮。
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| 吐露港行動計劃(節錄自《香港環境保護2000》年報) |
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政府為遏止吐露港水質的惡化趨勢，於1986年擬定了「吐露港行動計劃」，透過多項有力措施管制和消減水污染。此計劃於1987年開始推行，而吐露港集水區亦開始禁止飼養禽畜和實施禽畜廢物管制規例。除此之外，政府並手改善污水處理廠和減低來自舊堆填區的污染，規劃擴展公共污水渠系統及將污水渠接駁至鄉村地區。為了更有效紓緩營養物污染對吐露港的壓力，政府建議將沙田及大埔污水處理廠處理過的污水輸往水流沖刷力較強的維多利亞港排放。此計劃亦於1995至1996年間正式展開。
吐露港行動計劃推行至今，成績顯著。二十年來，港灣的水質有大幅度的改善，環保署的監測計劃所錄得的五天生化需氧量(有機污染物)、大腸桿菌、氮和磷水平均已明顯下降，雖然葉綠素-a水平大致平穩，但出現紅潮的次數已顯著減少，由1988年最高峰的40多次，下降至過去十年來每年10次左右。八十至九十年代經常發生紅潮導致魚類大量死亡的事件，今天已甚為罕見。
長期以來，吐露港的水質指標達標率逐漸遞增。最近十年，吐露港和赤門海峽水質管制區的大腸桿菌水質指標的達標率高達100%，至於水中溶解氧含量，除了赤門海峽三個監測站(水深而較容易出現分層情況)外，所有監測站於2005年均完全達到水質指標。
環保署推行的營養物污染消減措施，使吐露港水中的總無機氮及非離子氨下降及維持於較低的水平。2005年，葉綠素-a的達標率很高，所有內港和外港的監測站位均完全符合水質指標，而其他站位的達標率也達90%。
除了水質參數以外，吐露港底層的沉積物亦可反映海港多年來的污染情況。監測數據顯示港灣內部分區域沉積物高度缺氧，這是與附近人口和魚糧、魚糞所產生的有機物污染有關，其中分布於吐露港一帶的魚類養殖業是主要污染源頭之一。
吐露港內港的沉積物監測站所錄得的鉛水平高於「化學超標下限」，顯示吐露港早期曾受含鉛汽油的污染。香港早已在1992年開始禁止使用含鉛汽油，以減少對環境的危害。
長期浮游植物監測結果顯示吐露港內共發現55種可導致紅潮的浮游植物，品種數量比本港其他水域為高，相對來說，后海灣僅有六種。1980至2005年間，在香港水域出現的750次紅潮中便有309次(即41%)在吐露港發生。
一般來說，東部水域的浮游植物品種比西部多，原因是許多浮游植物需在高鹽度的環境下生長，加上東部水質清澈，陽光透射度高，更促進浮游植物的生長。當有大量營養物進入水體，類似吐露港的情況，浮游植物密度便可能大增，形成藻類繁殖過盛或紅潮發生。
大鵬灣水質管制區
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在香港水域生長的軟珊瑚是世界上
最美麗的海洋生物之一 |
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大鵬灣位於香港東面，是本港最大的水質管制區，也是距離珠江口最遠而受其影響最少的海域。由於大鵬灣內人口密度低，大型發展項目不多，灣內的水質一向良好，是香港大部分珊瑚群落的棲息地。大鵬灣水質管制區的北端有九個魚類養殖區，全部位於風平浪靜的內海灣，另外印洲塘和東平洲各有一個海岸公園，公園範圍內有多樣性的魚類和珊瑚繁衍。
政府於1986年開始監測大鵬灣水質，最初只有一個監測站(位於吐露港出口處赤洲)，1991年大鵬灣水質管制區的監測站增加至8個，其後繼續增設新站位，到1998年為止共有13個，此數目一直維持至今。
1993年夏季，大鵬灣出現大面積的嚴重缺氧現象。當年連場大雨，高降雨量是導致缺氧的主因之一，此外珠江淡水流量亦大幅度增加。天氣轉晴後，海水出現分層現象(即表層淡水與底層高鹽度海水不混和)，水體表面的氧氣無法輸送到底層，底層溶解氧下降導致在海床棲息的生物大量死亡。
大鵬灣極具生態價值，灣內敏感的自然生態和多樣性海洋動植物容易受到港口或其他發展項目的威脅。為了促進大鵬灣的保育工作及維護其良好的生態環境，香港和深圳兩地政府於1998年聯合擬定了大鵬灣行動計劃。這套跨境行動的宗旨是管制灣內兩地污染，目前港深兩地的環保部門均定期協商共同實施污染消減計劃並交換監測數據，此外亦限制在大鵬灣集水區內(特別是大鵬灣內沙頭角附近的水域)開發高污染工業。
大鵬灣行動計劃自推行以來，水中總磷和總氮等營養物明顯下降，但位於北部沙頭角多個監測站位的葉綠素-a水平卻依然偏高(反映藻類繁殖活躍)，顯示浮游植物可能過盛而形成藻華。由於沙頭角(香港境內)和鹽田/內大鵬灣(深圳境內)一帶有多個潛在污染源，兩地政府一直緊密監測該區水質，避免造成危害。
長期以來，大鵬灣水質管制區的水質指標達標率一直維持於理想水平，而2000年至2005年間每年達標率均為100%。此外，吉澳海、大灘海及印洲塘三個次級接觸康樂活動區(用作風帆及航海等活動)的大腸桿菌水平非常低，完全符合水質指標。
總體來說，大鵬灣水質大致良好，但監測結果卻顯示內灣有些地區的沉積物高度缺氧(電化學勢低於-300mV)，特別是魚排較多的印洲塘及吉澳海最為顯著。沉積物中的大量有機物質來自魚糧和魚糞，經過多年的積聚形成缺氧情況。大鵬灣其他水域的沉積物污染物含量較低，重金屬及其他毒性物質含量也較少。
牛尾海水質管制區
牛尾海水質管制區包括糧船灣海、外牛尾海、西貢海及白沙灣。區內大部分水域擁有曲折的海岸線和受小島包圍，因此不太受惡劣天氣影響，惟有在吹東南風的情況下風浪會較大。牛尾海水質一般良好，水體較均勻而不易分層。
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人們在牛尾海揚帆 |
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牛尾海自然風景優美，有陸地作屏障，是理想的水上康樂活動場地。整個水質管制區被定為次級接觸康樂活動區，是本港最重要的水上運動及康樂活動資源之一，此外並有六個魚類養殖區供給市民日常生活需要。
牛尾海集水區並無大型城市發展項目，但小市鎮及鄉村人口較密集，而部分分布於海岸線上。牛尾海水質管制區內的主要社區包括西貢市、北港、白沙灣、蠔涌、大埔仔、銀線灣及清水灣。西貢設有一個先進的二級污水處理廠，進行高級污水處理，其中包括紫外光消毒及消減營養物。儘管牛尾海一帶近年來人口有所增加，但由於區內污水得到適當處理，該海域依然能夠維持良好水質。
回顧九十年代時，內牛尾海因人口增加而一度導致水質下降，西貢市附近水質監測站的大腸桿菌水平有顯著的上升趨勢。隨污水設施的改善，未經處理污水排入海域的情況已大為減少，使海水水質有所改善。此外政府並採取污染管制措施消減禽畜農場及其他水污染，多年來牛尾海監測站的凱氏氮、總氮及總磷水平普遍維持下降趨勢。
到2005年，牛尾海水質管制區的水質已達到極佳的水平，溶解氧含量高，營養物及大腸桿菌水平則很低，完全符合水質指標，顯示該海域持續適合市民進行次級接觸康樂活動。
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