南部水域

南部水域包括南區水質管制區，區內面積廣闊約有400平方公里，從香港島以南伸展至大嶼山以東水域，面臨南中國海。這片海域一般溶解氧含量高，但部分地區受西面珠江水流的影響，特別是在夏天雨季，江水流量會增加至最高峰位。近年珠江三角洲經濟迅速發展，都市化及工業化建設日漸加強，珠江水中的營養物及污染物含量亦有所增加。南區水質管制區的西面海域已明顯呈現水污染特徵，這與珠江水流入有直接的關係。

珠江水流對南區水質管制區多項水質參數有很大的影響，其中包括鹽度、懸浮固體及總無機氮。區內西部監測站的懸浮固體及總無機氮水平一般比東部各站高，而鹽度則較低，這種現象在夏季特別明顯。

南區水質管制區四個監測站2005年雨季(4月至9月)的 鹽度、總無機氮及懸浮固體平均水平

在水質指標達標率方面，由於南區水質管制區大部分監測站的總無機氮水平偏高，經常出現超標情況。九十年代內，總無機氮水質指標達標率一般均低於20%，2005年內整個南區水質管制區只有最東面的監測站能達到水質指標。也因為總無機氮水平的關係，2005年南區水質管制區水質指標的總達標率相對較低，只有71%，與1991年的達標率相若。

水質持續良好的深水灣泳灘是港島南區 最美麗的泳灘之一

南區水質管制區的大腸桿菌含量較為均勻而普遍偏低，一般每百毫升不超過10個。2005年，水質管制區內次級接觸康樂活動分區(即大嶼山東岸及香港島南岸)的大腸桿菌水質指標達標率為100%，顯示分區內適合進行風帆、帆船等水上運動。另外，南區水質管制區20多個熱門泳灘(分布於香港島南部及大嶼山、南丫島和長洲)的水質大部分列為「良好」等級。

由於受到沿岸污水排放的影響，南區有些地帶的細菌含量近年來有所上升。其中包括南丫島的索罟灣及交椅洲附近水域。索罟灣灣內細菌水平受附近污染的影響，而交椅洲鄰近水域的變化則可能與「淨化海港計劃」第一期昂船洲污水處理廠的排放有關。

南區水質管制區內大部分監測站均遠離市區，海床沉積物的重金屬及毒性有機物含量普遍均低於近市區的站位。