紅潮及浮游植物
浮游植物是在海面上飄浮的微小植物，對水中氮和磷等養分的增加非常敏感。海水如有大量營養物注入便可能產生「富營養化」問題，導致有些浮游植物種類開始迅速繁殖，促使大量藻類過度蔓生，形成「紅潮」。紅潮可導致海水含氧量大幅下降，引致魚類死亡，此外並影響市民的海上康樂活動和使用海水作其他用途。
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反曲原甲藻是香港水域常見的硅藻
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環保署進行長期浮游植物監測計劃。該計劃共有三個主要目標。第一是了解浮游植物群落的變化(例如優勢種類或群落的變化)；第二是探討海水養分水平與這些變化的關係；第三是測試海水中是否有毒性浮游植物的存在。
八十年代本港紅潮發生數目顯著增加，環保署遂展開了浮游植物監測計劃，最初目的是研究紅潮頻繁發生地區例如吐露港的浮游植物數量。目前浮游植物計劃已擴展至全港所有水域，並成為海水水質監測計劃重要組成部分之一。
環保署目前在全港九個水質管制區內的25個監測站位監測浮游植物，每月在各站位於水面以下一米水深位置收集樣本，經實驗室技術人員分析和計算樣本中的浮游植物品種和數量，然後以不同站位的數據作長期性比較。
環保署的監測工作可幫助了解海水中溫度、營養物及浮游植物繁殖之間的複雜關係，本署更建立了資料庫，儲藏本港200多種浮游植物的數據，其中81種浮游植物是可形成紅潮的品種。本監測計劃可協助政府評估消減海水營養物措施的成效，特別是在吐露港等敏感水域。1986年政府實施了「吐露港行動計劃」後，港內紅潮發生率大幅減少，由1988年最高的43次下降至2005年的12次。1988年是香港水域的紅潮高峰期(共有88次紅潮報告)，近年來每年全港紅潮發生率大約維持在30次左右。與八十至九十年代相比，紅潮所引起的魚類死亡事件，最近幾年已十分罕見。
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