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有毒物質監測計劃
2004年，環保署進一步加強海水監測工作，發展了一個嶄新的「有毒物質監測計劃」。本計劃的監測重點是二噁英、殺蟲劑和重金屬等痕量化學物。這些化學物能長期存在於環境中，並可在食物鏈內積聚，對海洋生物和有機會進食受污染海產的市民均會構成危害。
有毒物質監測計劃是環保署根據1999年至2003年間所進行「香港有毒物質污染研究」結果而發展。這項研究蒐集海洋環境中有關痕量有毒化學物質的資料，初步評估它們對生態系統及人體健康所構成的風險。研究結論指出雖然香港海洋環境並無廣泛受到有毒化學物的嚴重污染，但政府必須密切監測一些在個別地區仍有潛在污染風險的痕量有毒污染物。
2004年，環保署水質監測課採納研究報告的建議，正式開展了「有毒物質監測計劃」。其目標是更清楚地了解香港海洋環境(包括海水、沉積物及生物)和污染源(包括生活污水、河溪及雨水渠)中的有毒污染物水平，評估目前有毒污染物是否會危害環境或公眾健康，以及需要採取的相應措施。
監測程序以三年為一周期，首兩年監測海洋環境中的有毒化學物，第三年則監測陸地上的污染源。
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二噁英/ 喃能長期存在於環境中，
雖然含量很低但可對人體構成危害
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本計劃首兩年(2004至2005年)監測了海水中13種化學物、海底沉積物中的22種化學物和海洋生物體內的9種化學物，分析的痕量有機物包括二噁英/ 喃、多氯聯苯、多環芳烴、滴滴涕及其代謝物、有機錫合物等，有毒金屬類包括鎘、銅、汞等。根據監測計劃，環保署人員在全港的七個水質管制區內採集海水及海底沉積物樣本，其中包括大鵬灣、吐露港、將軍澳、維多利亞港、南區、西北部及后海灣水質管制區，此外並在五個水質管制區內收集海洋生物樣本，包括魚類、雙殼貝、蝦及瀨尿蝦作化驗。
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有毒物質監測計劃人員在船上
將海洋生物樣本分類
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2004年至2005年監測計劃所得的初步結果與「香港有毒物質污染研究」大致相若，顯示香港海洋環境的有毒物質水平一般偏低，未構成令人關注的重大情況，但同時亦發現維多利亞港沉積物有些重金屬處於較高的水平，相信和以往的工業污染有關。
有毒物質監測計劃於2006年的工作重點是監測污染源，其中包括未經處理的污水和污水處理廠的排放水、河溪及雨水渠排放等。香港是《關於持久性有機污染物的斯德哥爾摩公約》的締約成員，需要履行公約的規定，未來的有毒物質監測計劃將擴展至監測公約內所有12種持久性有機污染物。
生物指標監測計劃
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對用於生物指標監測計劃的油力
進行生殖腺解剖
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「生物指標監測計劃」是環保署於2004年開始推行的另一個新措施。本署自八十年代開始實行水質監測計劃，一直以海水及沉積物的物理及化學參數為主，生物參數只限於污水細菌及浮游植物的監測，污染對海洋生物的影響並不包括在監察項目內。
生物監測可協助評估海洋環境生態狀況，並測試污染對海洋生物在生物各層面上(例如生化、細胞、生理、個體、群落) 的損害。
2001至2003年內，環保署進行了一項「開發生物指標系統進行海洋污染監測」的研究，研究成果之一是建議環保署建立生物指標監測計劃，追蹤污染對海洋生物的影響。監測計劃的目標是監測水質變化對指標物種所導致的生物反應，比較全港各海域污染對生物所造成的影響，以及評估香港海洋環境的整體生態健康狀況。
研究並建議在不同的生物組織層面上監測13種生物指標：
- 魚的肝酵素；
- 貽貝溶
 體的完整性；
- 貽貝體內的重金屬及痕量有機物含量；
- 魚類肥滿度指數；
- 魚類肝指數；
- 魚類生殖腺指數；
- 魚類魚鰭腐蝕；
- 魚類表皮過度增生；
- 腹足動物性畸變；
- 底棲生物(底棲群落)多樣性指數；
- 底棲生物正態分布；
- 底棲生物豐度與生物量比較圖標；
- 底棲生物多變數統計。
環保署於2004至2005年開展生物指標計劃時，首先監測了前九種生物指標，其餘四種指標的監測工作於2006年開始進行。
新的生物指標監測計劃共包括六個監測區，分別代表本港不同污染程度的海域。包括第一區(后海灣)、第二區(西部水域)、第三區(吐露港及大鵬灣內灣)、第四區(牛尾海及大鵬灣外灣)、第五區(南部水域)及第六區(維港及將軍澳)。
監測結果發現在上述生物指標中，本港水域的魚類一般沒有發現與污染相關的魚鰭腐蝕及表皮過度增生的情況出現，但另外有些其他生物指標則值得關注，例如腹足動物海螺的性畸變，這可能是水中三丁基錫化合物所引發(船隻常用的船身防污劑)。海水中即使只有極微量的三丁基錫化合物，亦足以改變海螺性別，妨礙牠們繁殖。
貽貝可在體內積聚有毒物質，因此世界許多國家以貽貝作為生物指標。早期數據顯示與本港其他區域比較，尖沙嘴等市中心水域的貽貝含較高的多氯聯苯及多環芳烴。一般來說，貽貝樣本內多氯聯苯的含量均偏低。
以上兩項新監測計劃與現有的海水水質監測計劃相輔相承，結合起來可為環保署提供較為全面的資料，讓我們更了解香港海洋環境的狀況，以及擬定必要的措施保護海洋資源和修復受污染損害的海域。
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