东部水域
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在果洲群岛栖生的柳珊瑚
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香港东部水域涵盖三个水质管制区，其中包括吐露港及赤门海峡水质管制区、大鹏湾水质管制区及牛尾海水质管制区。吐露港及赤门海峡水质管制区受陆地环绕，只有一道狭窄的出口流入大鹏湾。牛尾海亦位于多个小岛和海湾之中，但比吐露港较为开豁，水流冲刷能力亦较强。大鹏湾水质管制区毗连深圳经济特区，其内湾涵盖吐露港及牛尾海以东的水域，而南面的外湾则与海洋水流交汇，水深而清澈。东部水域水质普遍良好，区内有多种海洋生物栖生，包括海绵、珊瑚及300多种珊瑚礁海洋生物。
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大鹏湾印洲塘海岸公园
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东部水域有三个区域属宪报刊登的「次级接触康乐活动区」，作为帆船航行、滑浪风帆及海上活动的地区。这些水域分别位于牛尾海、吐露港和大鹏湾内的三个分区。此外，东部水域也设有三个受保护的海岸公园，保护海洋生态环境防止受人类活动影响，另外东部水域共有21个鱼类养殖区。盐田港是位于大鹏湾北部沙头角深圳境内的一个新的大型货柜起卸港，于近年开始使用。
吐露港及赤门海峡水质管制区
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吐露港溶解氧、水温及盐度典型分层剖面图
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吐露港由于大部分受陆地围绕，只有一个狭窄的出口，因此水体循环能力薄弱，特别是在吹东北逆风的情况下，水流出海进一步减弱。鉴于这两个原因，吐露港内的污染物很难随潮汐带出港外而被稀释，另外夏季港内常出现海水温度和盐度分层现象，妨碍水团混和，容易导致海底缺氧情况(溶解氧低)。
1986至2001年间，随着沙田及大埔新市镇的开发，吐露港集水区的人口从50万增至90万，增长幅度近一倍。人口急剧上升，吐露港区内由沙田及大埔污水处理厂处理的废水量亦随之激增。虽然大部分废水经过二级处理，但因废水量增加而使总营养物量大幅上升，对吐露港养分吸收能力形成极大的考验。八十至九十年代内，吐露港经常出现红潮(或藻类蔓生)现象，1988年一年里更录得40多次红潮。
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| 吐露港行动计划(节录自《香港环境保护2000》年报) |
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政府为遏止吐露港水质的恶化趋势，于1986年拟定了「吐露港行动计划」，透过多项有力措施管制和消减水污染。此计划于1987年开始推行，而吐露港集水区亦开始禁止饲养禽畜和实施禽畜废物管制规例。除此之外，政府并着手改善污水处理厂和减低来自旧堆填区的污染，规划扩展公共污水渠系统及将污水渠接驳至乡村地区。为了更有效纾缓营养物污染对吐露港的压力，政府建议将沙田及大埔污水处理厂处理过的污水输往水流冲刷力较强的维多利亚港排放。此计划亦于1995至1996年间正式展开。
吐露港行动计划推行至今，成绩显著。二十年来，港湾的水质有大幅度的改善，环保署的监测计划所录得的五天生化需氧量(有机污染物)、大肠杆菌、氮和磷水平均已明显下降，虽然叶绿素-a水平大致平稳，但出现红潮的次数已显著减少，由1988年最高峰的40多次，下降至过去十年来每年10次左右。八十至九十年代经常发生红潮导致鱼类大量死亡的事件，今天已甚为罕见。
长期以来，吐露港的水质指标达标率逐渐递增。最近十年，吐露港和赤门海峡水质管制区的大肠杆菌水质指标的达标率高达100%，至于水中溶解氧含量，除了赤门海峡三个监测站(水深而较容易出现分层情况)外，所有监测站于2005年均完全达到水质指标。
环保署推行的营养物污染消减措施，使吐露港水中的总无机氮及非离子氨下降及维持于较低的水平。2005年，叶绿素-a的达标率很高，所有内港和外港的监测站位均完全符合水质指标，而其它站位的达标率也达90%。
除了水质参数以外，吐露港底层的沉积物亦可反映海港多年来的污染情况。监测数据显示港湾内部分区域沉积物高度缺氧，这是与附近人口和鱼粮、鱼粪所产生的有机物污染有关，其中分布于吐露港一带的鱼类养殖业是主要污染源头之一。
吐露港内港的沉积物监测站所录得的铅水平高于「化学超标下限」，显示吐露港早期曾受含铅汽油的污染。香港早已在1992年开始禁止使用含铅汽油，以减少对环境的危害。
长期浮游植物监测结果显示吐露港内共发现55种可导致红潮的浮游植物，品种数量比本港其它水域为高，相对来说，后海湾仅有六种。1980至2005年间，在香港水域出现的750次红潮中便有309次(即41%)在吐露港发生。
一般来说，东部水域的浮游植物品种比西部多，原因是许多浮游植物需在高盐度的环境下生长，加上东部水质清澈，阳光透射度高，更促进浮游植物的生长。当有大量营养物进入水体，类似吐露港的情况，浮游植物密度便可能大增，形成藻类繁殖过盛或红潮发生。
大鹏湾水质管制区
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在香港水域生长的软珊瑚是世界上
最美丽的海洋生物之一 |
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大鹏湾位于香港东面，是本港最大的水质管制区，也是距离珠江口最远而受其影响最少的海域。由于大鹏湾内人口密度低，大型发展项目不多，湾内的水质一向良好，是香港大部分珊瑚群落的栖息地。大鹏湾水质管制区的北端有九个鱼类养殖区，全部位于风平浪静的内海湾，另外印洲塘和东平洲各有一个海岸公园，公园范围内有多样性的鱼类和珊瑚繁衍。
政府于1986年开始监测大鹏湾水质，最初只有一个监测站(位于吐露港出口处赤洲)，1991年大鹏湾水质管制区的监测站增加至8个，其后继续增设新站位，到1998年为止共有13个，此数目一直维持至今。
1993年夏季，大鹏湾出现大面积的严重缺氧现象。当年连场大雨，高降雨量是导致缺氧的主因之一，此外珠江淡水流量亦大幅度增加。天气转晴后，海水出现分层现象(即表层淡水与底层高盐度海水不混和)，水体表面的氧气无法输送到底层，底层溶解氧下降导致在海床栖息的生物大量死亡。
大鹏湾极具生态价值，湾内敏感的自然生态和多样性海洋动植物容易受到港口或其它发展项目的威胁。为了促进大鹏湾的保育工作及维护其良好的生态环境，香港和深圳两地政府于1998年联合拟定了大鹏湾行动计划。这套跨境行动的宗旨是管制湾内两地污染，目前港深两地的环保部门均定期协商共同实施污染消减计划并交换监测数据，此外亦限制在大鹏湾集水区内(特别是大鹏湾内沙头角附近的水域)开发高污染工业。
大鹏湾行动计划自推行以来，水中总磷和总氮等营养物明显下降，但位于北部沙头角多个监测站位的叶绿素-a水平却依然偏高(反映藻类繁殖活跃)，显示浮游植物可能过盛而形成藻华。由于沙头角(香港境内)和盐田/内大鹏湾(深圳境内)一带有多个潜在污染源，两地政府一直紧密监测该区水质，避免造成危害。
长期以来，大鹏湾水质管制区的水质指标达标率一直维持于理想水平，而2000年至2005年间每年达标率均为100%。此外，吉澳海、大滩海及印洲塘三个次级接触康乐活动区(用作风帆及航海等活动)的大肠杆菌水平非常低，完全符合水质指标。
总体来说，大鹏湾水质大致良好，但监测结果却显示内湾有些地区的沉积物高度缺氧(电化学势低于-300mV)，特别是鱼排较多的印洲塘及吉澳海最为显著。沉积物中的大量有机物质来自鱼粮和鱼粪，经过多年的积聚形成缺氧情况。大鹏湾其它水域的沉积物污染物含量较低，重金属及其它毒性物质含量也较少。
牛尾海水质管制区
牛尾海水质管制区包括粮船湾海、外牛尾海、西贡海及白沙湾。区内大部分水域拥有曲折的海岸线和受小岛包围，因此不太受恶劣天气影响，惟有在吹东南风的情况下风浪会较大。牛尾海水质一般良好，水体较均匀而不易分层。
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人们在牛尾海扬帆 |
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牛尾海自然风景优美，有陆地作屏障，是理想的水上康乐活动场地。整个水质管制区被定为次级接触康乐活动区，是本港最重要的水上运动及康乐活动资源之一，此外并有六个鱼类养殖区供给市民日常生活需要。
牛尾海集水区并无大型城市发展项目，但小市镇及乡村人口较密集，而部分分布于海岸线上。牛尾海水质管制区内的主要社区包括西贡市、北港、白沙湾、蚝涌、大埔仔、银线湾及清水湾。西贡设有一个先进的二级污水处理厂，进行高级污水处理，其中包括紫外光消毒及消减营养物。尽管牛尾海一带近年来人口有所增加，但由于区内污水得到适当处理，该海域依然能够维持良好水质。
回顾九十年代时，内牛尾海因人口增加而一度导致水质下降，西贡市附近水质监测站的大肠杆菌水平有显著的上升趋势。随着污水设施的改善，未经处理污水排入海域的情况已大为减少，使海水水质有所改善。此外政府并采取污染管制措施消减禽畜农场及其它水污染，多年来牛尾海监测站的凯氏氮、总氮及总磷水平普遍维持下降趋势。
到2005年，牛尾海水质管制区的水质已达到极佳的水平，溶解氧含量高，营养物及大肠杆菌水平则很低，完全符合水质指标，显示该海域持续适合市民进行次级接触康乐活动。
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