南部水域

南部水域包括南区水质管制区，区内面积广阔约有400平方公里，从香港岛以南伸展至大屿山以东水域，面临南中国海。这片海域一般溶解氧含量高，但部分地区受西面珠江水流的影响，特别是在夏天雨季，江水流量会增加至最高峰位。近年珠江三角洲经济迅速发展，都市化及工业化建设日渐加强，珠江水中的营养物及污染物含量亦有所增加。南区水质管制区的西面海域已明显呈现水污染特征，这与珠江水流入有直接的关系。

珠江水流对南区水质管制区多项水质参数有很大的影响，其中包括盐度、悬浮固体及总无机氮。区内西部监测站的悬浮固体及总无机氮水平一般比东部各站高，而盐度则较低，这种现象在夏季特别明显。

南区水质管制区四个监测站2005年雨季(4月至9月)的 盐度、总无机氮及悬浮固体平均水平

在水质指标达标率方面，由于南区水质管制区大部分监测站的总无机氮水平偏高，经常出现超标情况。九十年代内，总无机氮水质指标达标率一般均低于20%，2005年内整个南区水质管制区只有最东面的监测站能达到水质指标。也因为总无机氮水平的关系，2005年南区水质管制区水质指标的总达标率相对较低，只有71%，与1991年的达标率相若。

水质持续良好的深水湾泳滩是港岛南区 最美丽的泳滩之一

南区水质管制区的大肠杆菌含量较为均匀而普遍偏低，一般每百毫升不超过10个。2005年，水质管制区内次级接触康乐活动分区(即大屿山东岸及香港岛南岸)的大肠杆菌水质指标达标率为100%，显示分区内适合进行风帆、帆船等水上运动。另外，南区水质管制区20多个热门泳滩(分布于香港岛南部及大屿山、南丫岛和长洲)的水质大部分列为「良好」等级。

由于受到沿岸污水排放的影响，南区有些地带的细菌含量近年来有所上升。其中包括南丫岛的索罟湾及交椅洲附近水域。索罟湾湾内细菌水平受附近污染的影响，而交椅洲邻近水域的变化则可能与「净化海港计划」第一期昂船洲污水处理厂的排放有关。

南区水质管制区内大部分监测站均远离市区，海床沉积物的重金属及毒性有机物含量普遍均低于近市区的站位。