西部水域
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龙鼓洲海岸公园 |
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香港西部水域由两个相连的水质管制区组成：后海湾水质管制区及西北部水质管制区。毗邻深圳的后海湾水浅而泥沙多，深受深圳河影响。后海湾生态价值很高，区内的米埔湿地每年有数以万计迁徙的候鸟在这里停留过冬，根据《拉姆萨尔公约》米埔被列为「国际重要湿地」之一，此外后海湾本身亦有养蚝业。
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于香港西部水域栖息的中华白海豚 |
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兴建中的深港西部通道
(横跨后海湾的大桥) |
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至于西北部水质管制区则深受珠江水流影响，区内的龙鼓洲被划为海岸公园(龙鼓洲海岸公园)，附近一带水域更是美丽活泼的中华白海豚栖息地，近年来海豚观察已成为热门的消闲活动。
后海湾水质管制区
过去20年来，深圳特区和本港新界西北部经济高速发展，直接影响后海湾水质管制区水质。八十年代至九十年代初期，受到生活污水和禽畜废物影响，后海湾的大肠杆菌和五天生化需氧量持续上升，构成严重污染问题，其中包括营养物及有机物过高、海床缺氧、有毒氨氮和细菌污染，对湾内的敏感生态和养蚝业造成很大的威胁。
来自香港和深圳集水区的污染物和河溪均流入后海湾，使后海湾水质恶化，其中内湾的污染特别严重，水中悬浮固体、混浊度、有机物(即五天生化需氧量，化学需氧量)、营养物(氮及磷)和大肠杆菌的水平都偏高。数据显示外湾监测站的污染程度，包括五天生化需氧量、悬浮固体和氮营养物水平都较内湾站位为低，表示后海湾的污染物在流至外湾时有一定的稀释作用。
后海湾水质的日渐恶化引起各方的关注，1992年粤港环境保护联络小组(后被粤港持续发展与环保合作小组取代)拟定了「后海湾(深圳湾)行动计划」，目的是通过两地政府共同努力解决威胁后海湾生态环境的污染问题。1998年，联络小组宣布其长远目标之一是解决后海湾水污染问题，其后粤港两地于1999年制订了「后海湾水污染管制联合实施计划」，翌年制定了为期15年的计划改善后海湾水质，减少现有的污染量，管制新污染源，使流入后海湾的污染总量在2015年时能减少到水体自我净化能力之内，该计划每五年检讨一次。另外，目前粤港两地正携手开发一套全新的数学模型，作为管理珠江三角洲水环境的有力分析工具。
香港境内的主要污染源来自禽畜废物和尚未设有公共污水系统的乡村屋。多年来，环保署在新界西北区积极执行污染管制法例，1987年推行了「禽畜废物管制计划」，于1994年进行检讨修订以促进污染管制。管制计划禁止任何人在「禁制区」内饲养禽畜，计划实施后新界的禽畜农场数目大为减少，而继续经营的农场则需按照标准来处理农场的污水。为了进一步消减禽畜废物污染，政府先后在2005年及2006年开始推行鸡场及猪场自愿交还牌照计划。计划设有补偿特惠金以鼓励鸡农及猪农将牌照交还政府。目前政府正逐步扩建公共污水系统，在全港各区所推行的「污水收集整体计划」也渐见成效，未来十年内，数百条未有公共污水设施的乡村将会陆续设置污水渠，彻底解决水污染问题。
直至2005年，后海湾水质依然欠佳，特别是内湾附近的污染尤为严重，有机及无机污染物含量高而溶解氧水平则偏低。后海湾内的氮化合物水平也是全港海域最高。
过去20年来，后海湾水质管制区的水质指标达标率一直低于50%。而2005年内的达标率仅为33%。水质管制区内所有站位均不符合总无机氮指标，内湾两个监测站亦未能达到溶解氧指标，此外对海洋生物有害的非离子氨含量亦普遍高于水质指标，只有海湾的外缘站位例外。
后海湾水质管制区沉积物的含砷量普遍偏高，大部分超出化学超标下限，这可能与新界北部土壤内较高的天然砷含量有关。除此以外，其它有毒污染物质含量均处于较低水平，没有超出化学超标下限。
西北部水质管制区
由于受到珠江水流影响，西北部水质管制区的总无机氮含量一般比较高，其中以接近珠江口的西面水域为甚。以2005年为例，水质管制区内东面的总无机氮含量接近水质指标上限，其它站位的含氮量则已超标。此外西北部水质管制区亦受到沿岸污染排放的影响，特别是来自望后石污水处理厂和附近未有公共污水设施的村屋。
多年来环保署一直监测西北部水质管制区的情况，在龙鼓水道(龙鼓洲与踏石角之间的水道) 监测站发现氨氮和总无机氮的上升趋势，因受本地排污和珠江水流影响所致。此外，区内东西两个监测站位亦录得大肠杆菌水平增加的迹象，东面监测站大肠杆菌量的增加可能由于站位靠近维港「净化海港计划」的排污口(详见第七章)，而西面监测站则位于西湾污水处理厂的烂角咀排污口附近，该厂排污量近年来有所增加。
香港国际机场是本港历来最庞大的基建工程之一，机场建于覆盖赤鱲角和榄洲填海而成的人工岛上，位于西北部水质管制区内。为了建造1,248公顷的人工小岛，机场项目挖掘了2.5亿立方米填海物料，挖掘工程为期三年(1993-1995年)。填海期间西北部水质管制区水中的悬浮固体及混浊度水平明显上升，其中以靠近机场填海工地的监测站为甚，但在1996年填海工程完竣后，水质已回复正常。
西北部水质管制区与后海湾水质管制区情况不同，2005年水质指标总达标率已达89%，而八十及九十年代达标率亦高于80%。所有监测站均符合溶解氧及非离子氨水质指标，只有西端两个最接近珠江口监测站的氮水平偏高，超出总无机氮水质指标。
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