红潮及浮游植物
浮游植物是在海面上飘浮的微小植物，对水中氮和磷等养分的增加非常敏感。海水如有大量营养物注入便可能产生「富营养化」问题，导致有些浮游植物种类开始迅速繁殖，促使大量藻类过度蔓生，形成「红潮」。红潮可导致海水含氧量大幅下降，引致鱼类死亡，此外并影响市民的海上康乐活动和使用海水作其它用途。
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反曲原甲藻是香港水域常见的硅藻
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环保署进行长期浮游植物监测计划。该计划共有三个主要目标。第一是了解浮游植物群落的变化(例如优势种类或群落的变化)；第二是探讨海水养分水平与这些变化的关系；第三是测试海水中是否有毒性浮游植物的存在。
八十年代本港红潮发生数目显著增加，环保署遂展开了浮游植物监测计划，最初目的是研究红潮频繁发生地区例如吐露港的浮游植物数量。目前浮游植物计划已扩展至全港所有水域，并成为海水水质监测计划重要组成部分之一。
环保署目前在全港九个水质管制区内的25个监测站位监测浮游植物，每月在各站位于水面以下一米水深位置收集样本，经实验室技术人员分析和计算样本中的浮游植物品种和数量，然后以不同站位的数据作长期性比较。
环保署的监测工作可帮助了解海水中温度、营养物及浮游植物繁殖之间的复杂关系，本署更建立了数据库，储藏本港200多种浮游植物的数据，其中81种浮游植物是可形成红潮的品种。本监测计划可协助政府评估消减海水营养物措施的成效，特别是在吐露港等敏感水域。1986年政府实施了「吐露港行动计划」后，港内红潮发生率大幅减少，由1988年最高的43次下降至2005年的12次。1988年是香港水域的红潮高峰期(共有88次红潮报告)，近年来每年全港红潮发生率大约维持在30次左右。与八十至九十年代相比，红潮所引起的鱼类死亡事件，最近几年已十分罕见。
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