環保署評估河溪水質的制度將於第二章進一步詳述。總括來說，1986年環保署自成立而開始監測河溪水質時，全港45%的監測站位所錄得的結果均屬「惡劣」或「極劣」等級，翌年水質更進一步惡化，54%的監測站為「惡劣」或「極劣」。這顯示香港河溪系統已瀕臨危機，只有同心協力消減污染，才可遏止這珍貴的自然資源進一步的惡化。
政府的回應行動：水污染管制條例
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環保署網頁載有《水污染管制條例》的指引 |
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面對河溪水質惡化，政府在過往20年來推行了一連串的管制措施，竭力扭轉頹勢。其中以1980年公佈的《水污染管制條例》奠定完善控制水污染措施的基礎，列明管理香港河溪和海水水質的基本規範。
《水污染管制條例》及其附屬規例授權政府在全港設立水質管制區。根據各水質管制區的特質和「有益用途」(即水體的主要功能，例如飲用、康樂活動、灌溉等用途) 擬定一套「水質指標」。所以各水質管制區的水質指標不盡相同。為了實現水體的保育目標，水質指標是用科學的方法表達不同水質管制區所需達到的水質水平。
每當水質管制區在生效之後，環保署即獲授權在區內開始執行其污染管制工作，目的是達到和維持水質管制區本身的水質指標。水污染的主要管制工具之一是實施污水排放牌照制度。制度規定除了排入公共污水收集系統的住宅污水外，所有工業、商業及公共機構處所在排放污水前，必須申領污水排放牌照。每個牌照均註明排污條款與章則，包括污水的所需預先處理程序，同時列明排污標準。環保署則會巡查所有排污設施，以確保其遵守排污牌照的條款與章則，另外也需確保廢水處理設施的妥善運作及維修。環保署在已建立公共污水收集系統的地區亦有權要求物業業主將廢水管接駁至公共污水管道。
政府在1987至1999年間指定了香港的水質管制區。本文附圖顯示全港十個水質管制區及附水質管制區的位置和指定日期。有些水質管制區進一步劃分為多個分區，各分區有自己的水質指標。這些水質指標包括一些明確參數，用以評估區內的水質。環保署用於監測和評估水質指標達標率的主要參數包括酸鹼值、溶解氧、五天生化需氧量、化學需氧量及懸浮固體。有關上述參數的詳細資料和監測方法請參閱本報告的第二章。
禽畜廢物管制計劃
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向禽畜農戶派發的《禽畜廢物管制工作守則》 |
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「禽畜廢物管制計劃」是政府在消減及管制水質污染的另一項重要措施。這項計劃是根據1987年制訂及1994年修改的《廢物處置條例》推行。當時新界河溪受到大量未經處理的禽畜廢物排放影響導致嚴重污染，計劃開始生效後，在各區內劃定多個禽畜飼養禁制區，由1988年6月24日開始全面禁止在禁制區範圍內飼養禽畜。計劃實施以後，本港的禽畜農場的污染量大幅度銳減。以下附圖顯示禽畜廢物禁制區，這些區域多位於樓宇密集的市區及市區近郊。
禁制區以外的禽畜農戶繼續獲准飼養禽畜，但必須適當地處置禽畜廢物和污水，在1990年中期之前達到污染物排放標準，即懸浮固體含量不超過50毫克/公升，五天生化需氧量不超過50毫克/公升。
為協助農戶遵守新規例，政府特別推行了多項措施。首先，制定一套守則指引，為禽畜農戶提供多種廢物處理方案，此外並設立私營農場廢物處理示範裝置，及免費提供禽畜廢物收集服務，同時資助有需要裝設廢物處理設施的農戶。最後，政府更為了有些無法適應新制度而選擇永久結束禽畜業務的農戶提供了特惠津貼金。
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密集的禽畜農場(豬場、雞場和其他家禽農場)，其廢物經沖洗或由水道排入河溪。第二，香港有數百個鄉村未有公共污水渠道，生活污水只靠低效率的化糞池處理，或直接排放到附近河溪。第三，香港當時仍有不少工業大廈及商業樓宇的污水非法接駁排污管道，使廢水排入河流而進入香港海域。
