环保署一直以来也努力管制本署营运事务时对环境及市民造成的影响。我们已于2008年再检讨及确认环保及能源政策。这项政策制订本署自律守法、预防污染、对环境事故的应变措施、减少耗用资源和其他内务目标。我们推行了多个系统，以管理及监察本署运作的影响，同时按需要采取行动。
本署自1986年成立以来，一直十分重视采取符合环保原则的内务管理方法。1987年，署方向员工印发第一份关于用电的环保内务管理指引。踏入1990年代中，所有政府部门相继推行环保经理计划，环保署亦积极响应。1994年，本署成立环保管理委员会，并由本署署长出任主席，明确指引本署的环境管理工作。为了落实推行计划，每个办事处均成立环保行动组，负责实施各项环保措施，例如回收纸张和菲林塑胶筒循环再造、回收耗尽的镭射及喷墨打印机碳粉盒、回收塑胶文具等。为了进一步节省用纸，我们所有专业人员及技术人员现已利用电邮通讯。在2001年，我们设立了电子传真系统，以电子方式收发传真，务求节省用纸，我们更是首个完全使用循环再造纸张的政府部门。此外，我们还持续推行职员建议计划，鼓励员工提议新的环保措施。
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| 本署办公室内设有收集各类可回收利用物品的收集箱 | 环保资讯张贴在办公室的环保角通告板上 |
我们在2006年至2008年委托顾问公司为我们的办公室进行能源审核，厘定节约能源措施。我们现正就实际情况推行该等节约能源措施。另外，我们每年亦会进行内部环保审核，以作为环境管理系统的一部份。
环保署所有的运作当中，以废物设施的运作会对环境存在最大的潜在影响。我们会严密监察堆填区、废物转运站及化学废物处理中心的污染，同时规定有关设施必须遵从严格环境标准，我们与废物处理营运商签订的合约已列明有关的标准。我们的环境基建科于2009年成功取得ISO 14001换证，新证有效期为三年。
本署会严密监察实验室的运作，同时规定实验室必须符合环保法例的规定。此外，我们亦设定多项紧急应变系统，以便处理在废物设施及实验室发生的事故。
为确保本署员工透彻了解署方的环保政策，我们把环保管理纳入新同事的迎新课程范围，另定期为现职人员安排环境管理培训。我们的职员委员会亦经常举办户外环保同乐活动，并鼓励员工携同家眷参加。
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| 本署员工携同家眷参观部门的一个废物设施 |
在2002年，我们合并了环境管理和安全及健康管理，组成新的综合管理系统。这系统由部门环境、安全及健康委员会管理，制定策略及监察计划进度。欲悉最新发展和了解环保署运作对环境的影响，请参阅香港环境保护年报。;
