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后海湾和大鹏湾
香港和内地以深圳河分隔，并共享后海湾和大鹏湾的水体。香港政府和广东省政府于2000年在「粤港持续发展与环保合作小组」之下成立了「大鹏湾及后海湾（深圳湾）区域环境管理专题小组」，以加强合作，保护后海湾和大鹏湾的水环境。
后海湾的水域生态系统独一无二，野生生物种类繁多。由于该处具有重要生态价值，因此米埔一带和后海湾内湾于1995年被指定为「拉姆萨尔湿地」。都市化和禽畜饲养活动，使后海湾的水体日益受到生活污水和禽畜废物污染。有见及此，香港政府和广东省政府于1990年宣布把后海湾指定为必须优先合力保护和保育的地点。
为提升后海湾水质，粤港政府于2000年制订了《后海湾(深圳湾）水污染控制联合实施方案》(「实施方案」)。「实施方案」载明了两地政府分阶段推行的污染控制措施，主要透过拓建和优化污水基础设施，减少污水排入后海湾。双方会定期回顾「实施方案」，以评价方案的成效和制订所需的增补措施，包括修订「实施方案」的内容。双方正根据修订的方案积极治理水环境，逐步削减排入后海湾的污染量。自2000年代中期，主要入湾河道的水质持续改善，后海湾的水质因而亦有实质改善。深港双方会继续紧密合作，以持续改善后海湾的水质。
除后海湾外，大鹏湾在1994年亦成为粤港第二个重点研究区，粤港双方参照保护后海湾的经验，开始对大鹏湾的环境保护和区域控制策略进行研究。2003年，环保署与深圳环境保护局(现称为深圳市生态环境局)携手完成《大鹏湾水质区域控制策略》合作研究。研究建议大鹏湾的发展应设上限，以保护大鹏湾良好水质。
深港双方亦会定期回顾《大鹏湾水质区域控制策略》，以检视各项控制策略的成效和制订所需的增补措施。深港双方正继续推行《大鹏湾水质区域控制策略》的建议，以保护大鹏湾水环境及实现可持续发展目标。
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