環保署一直以來也努力管制本署營運事務時對環境及市民造成的影響。我們已於2008年再檢討及確認環保及能源政策。這項政策制訂本署自律守法、預防污染、對環境事故的應變措施、減少耗用資源和其他內務目標。我們推行了多個系統，以管理及監察本署運作的影響，同時按需要採取行動。
本署自1986年成立以來，一直十分重視採取符合環保原則的內務管理方法。1987年，署方向員工印發第一份關於用電的環保內務管理指引。踏入1990年代中，所有政府部門相繼推行環保經理計劃，環保署亦積極響應。1994年，本署成立環保管理委員會，並由本署署長出任主席，明確指引本署的環境管理工作。為了落實推行計劃，每個辦事處均成立環保行動組，負責實施各項環保措施，例如回收紙張和菲林塑膠筒循環再造、回收耗盡的鐳射及噴墨打印機碳粉盒、回收塑膠文具等。為了進一步節省用紙，我們所有專業人員及技術人員現已利用電郵通訊。在2001年，我們設立了電子傳真系統，以電子方式收發傳真，務求節省用紙，我們更是首個完全使用循環再造紙張的政府部門。此外，我們還持續推行職員建議計劃，鼓勵員工提議新的環保措施。
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| 本署辦公室內設有收集各類可回收利用物品的收集箱 | 環保資訊張貼在辦公室的環保角通告板上 |
我們在2006年至2008年委託顧問公司為我們的辦公室進行能源審核，釐定節約能源措施。我們現正就實際情況推行該等節約能源措施。另外，我們每年亦會進行內部環保審核，以作為環境管理系統的一部份。
環保署所有的運作當中，以廢物設施的運作會對環境存在最大的潛在影響。我們會嚴密監察堆填區、廢物轉運站及化學廢物處理中心的污染，同時規定有關設施必須遵從嚴格環境標準，我們與廢物處理營運商簽訂的合約已列明有關的標準。我們的環境基建科於2009年成功取得ISO 14001換證，新證有效期為三年。
本署會嚴密監察實驗室的運作，同時規定實驗室必須符合環保法例的規定。此外，我們亦設定多項緊急應變系統，以便處理在廢物設施及實驗室發生的事故。
為確保本署員工透徹了解署方的環保政策，我們把環保管理納入新同事的迎新課程範圍，另定期為現職人員安排環境管理培訓。我們的職員委員會亦經常舉辦戶外環保同樂活動，並鼓勵員工攜同家眷參加。
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| 本署員工攜同家眷參觀部門的一個廢物設施 |
在2002年，我們合併了環境管理和安全及健康管理，組成新的綜合管理系統。這系統由部門環境、安全及健康委員會管理，制定策略及監察計劃進度。欲悉最新發展和了解環保署運作對環境的影響，請參閱香港環境保護年報。;
