元朗東區（圖）
元朗區東部有兩條主要水道，即錦田河和牛潭尾主要排水道，和數條較細小的河溪，分別流經新田(例如石湖圍及麒麟村等地方)和打石湖。
上述各水道所受污染，主要是不時來自附近禽畜飼養場的非法排放，以及集水區內個別未接駁污水渠的屋宇。
禽畜農場主要集中於錦田河的集水區、石湖圍以及麒麟村一帶。
錦田河
錦田河是元朗東部最大的天然排水系統，部分河段因防洪工程而擴闊和鋪上混凝土。錦田河全長50公里，集水區的面積約為44平方公里，範圍由北面的雞公嶺至東面的大刀屻，而東南面則伸延至大帽山。錦田河由東南面流向西北面，主要有南北兩大支流。兩條支流在近高埔村處匯合，然後流入連接后海內灣的主排水渠。支流下游於匯合點前築有兩道充氣水閘作為防潮屏障。水閘上游的河水由渠務署的抽水站抽入下游。該兩個水閘下游河段的水位會隨潮汐漲退而升降。錦田河的其中一個污染源可能為附近禽畜飼養場的排放物。
牛潭尾主要排水道
牛潭尾主要排水道屬河道疏浚工程項目之一，用以改善元朗、錦田和牛潭尾流域中下游的嚴重氾濫問題。上游及下游部分的工程已分別於二零零三年及二零零五年完成。該排水渠由東流至西，集水區約為10平方公里。排水渠下游末端築有一個充氣水閘，用以防止潮水流入排水渠。集水區內水道的主要污染源，可能是禽畜飼養場和未有接駁污水渠的鄉村的排放物。
新田
新田是新界西北一個廣寬而日漸都市化的區域，範圍由北面的深圳河至東面的落馬洲及東南面的麒麟山，而西面則伸延至米埔。其內分佈有多條鄉村，俱沒有接駁污水渠設施；而大部分禽畜農場則集中於區內的南部，如石湖圍及麒麟村。新田區沒有大河，但有幾條小溪流，分別流經石湖圍及麒麟村。禽畜廢物是溪流的主要污染源。
