條例附表2內的指定工程項目，建造和營辦必須具備環境許可證。指定工程項目的環境影響評估報告，如符合下列其中一項規定，將會根據條例第15(1)(f)條載於登記冊內：
(a) 其環境影響評估報告已獲環境研究管理小組在1998年4月1日前基於屬於無須提交文件與環境諮詢委員會（前身為環境污染諮詢委員會）而獲接納的個案；或
(b) 其環境影響評估報告已在1998年4月1日前同獲環境研究管理小組和環境諮詢委員會接納而屬於必須提交文件與環境諮詢委員會的個案。
申請人可引述登記冊內所存放的環境影響評估報告以便申請環境許可證。環境許可證條件將包括有關的環評報告所建議的措施，以及環境諮詢委員會或環境及生態局局長在認可環評報告時提出的附加規定。
7.1 申 請 環 境 影 響 評 估 研 究 概 要
任何人如計劃進行一項指定工程項目，必須申請環境影響評估研究概要以便進行環境影響評估研究。應以指定表格連同符合環境影響評估程序的技術備忘錄附件1規定的工程項目簡介一併提交申請。申請時應繳交訂明的費用。如可能者，請申請人將工程項目簡介的電子文本一併遞交。
工程項目簡介應涵蓋充分資料以便署長能認定哪些是有關項目，以及環境影響評估研究應解決哪些事宜。如申請人不能按附件1規定提供充分資料、署長有權在接獲申請14天內，要求根據條例第5(4)條提交進一步資料。
工程項目簡介可能涵蓋多於一項指定工程項目。申請人應在工程項目簡介內清楚說明環境影響評估研究概要所涵蓋的指定工程項目的種類和數目。
申請人應在提交工程項目簡介翌日，就備有工程項目簡介一事在一份中文報章和一份英文報章刊登廣告。就工程項目簡介刊登廣告和供公眾查閱的安排，均應按在環境影響評估條例登記冊辦事處供索取的《文件刊登廣告和供公眾查閱指引摘要》來進行。
署長將在條例和本指南第8節所述的時限，而又經審閱工程項目簡介的資料、公眾和環境諮詢委員會的意見，以及環境影響評估程序的技術備忘錄，才向申請人發出環境影響評估研究概要。
7.2 申 請 准 許 環 境 影
響 評 估 報 告
申請人應按環境影響評估研究概要和環境影響評估程序的技術備忘錄，擬備環評報告。在申請批准環評報告時，申請人應以指定的申請表格，繳付訂明的費用，並提供足夠數目的環評報告與署長，以便環評報告獲得批准。規定的環評報告文本數目將在環境影響評估研究概要中有說明。
如署長信納環評報告符合環境影響評估研究概要和環境影響評估程序的技術備忘錄的規定，署長會通知申請人須在何時將報告供公眾查閱，又廣告是否須包括某些指定資料，和是否需要另向環境諮詢委員會或其轄下小組提交文件。
接獲這方面的通知後，申請人應以署長指明的文本數目和地點，存放環評報告供公眾免費查閱30天。並且每隔10天在一份中文報章及一份英文報章就備有環評報告一事刊登一段廣告。環評報告的廣告和供公眾查閱的安排應按《文件刊登廣告和供公眾查閱指引摘要》進行，這指引可在環境影響評估條例登記冊辦事處索取。
如有需要時，申請人也應向環境諮詢委員會轄下環境影響評估小組委員會提交環評報告。向環評小組委員會提交環評報告的程序和安排載述於《環境諮詢委員會轄下環評小組委員會指引摘要》，該文件可在環境影響評估條例登記冊辦事處索取。
7.3 申 請 准 許 直 接 申
請 環 境 許 可 證
大部分的指定工程項目須進行環評研究。只有在下列三種情況下，申請人方可申請批准直接申請環境許可證：
(a)
如工程項目已透過存放於登記冊內的環評報告作出充分評估而定論仍屬有關，可根據條例第 5(9) 條提出申請，而工程項目簡介亦應符合環境影響評估程序的技術備忘錄附件 1 的規定；
(b)
獲豁免指定工程項目的實質改變的影響連同緩解措施仍符合環境影響評估程序的技術備忘錄的規定。圖 3 展示如何根據條例核實該項改變是否屬於實質改變。可根據條例第 5(10) 條提出申請，並應按環境影響評估程序的技術備忘錄附件 2 的規定擬備工程項目簡介；或
(c)
該項指定工程項目相當不可能會有不良的環境影響；且工程項目簡介所述的緩解措施符合技術備忘錄的規定。第 5(11) 條適用於環境影響毫無疑問確證並無超逾環境影響評估程序的技術備忘錄所釐定的指引和準則，而緩解措施在實行當中已證明有效。
申請方法與申請環境影響評估研究概要相同。申請時應填寫指定的表格，連同一套符合環境影響評估程序的技術備忘錄附件 1 或 2 的規定的工程項目簡介一併提交。申請時應繳交訂明的費用。請申請人將工程項目簡介的電子文本一併遞交。
工程項目簡介應涵蓋充分資料，供署長決定是否符合條例第 5(9) 、 5(10) 或 5(11) 條的規定。如申請人未能如環境影響評估程序的技術備忘錄附件 1 或 2 所述提供充分資料，署長可根據條例第 5(4) 條在接獲申請 14 天內要求提交進一步資料。
申請人應在提交工程項目簡介翌日就備有工程項目簡介供公眾查閱一事宜在一份中文報章和一份英文報章刊登廣告。就工程項目簡介刊登廣告和供公眾查閱的安排，應按《文件刊登廣告和供公眾查閱指引摘要》進行。該指引可在環境影響評估條例登記冊辦事處索取。
在決定是否准許申請人直接申請環境許可證和應否提出條件時，署長會一併審閱公眾意見、環境諮詢委員會的意見、工程項目簡介的資料和環境影響評估程序的技術備忘錄規定。
