7.4 申 請 環 境 許 可 證
任何人如擬安排建造、建造或營辦附表2第I部的指定工程項目，或解除附表2第II部的指定工程項目的運作，應以指定的表格向署長提交申請，並繳付訂明的費用。
如環境許可證的申請是連同批准環評報告的申請一併呈交，則環境許可證要待環評報告獲准後才會發出。
在批出或拒絕環境許可證和決定環境許可證上須訂明的條件時，署長會考慮根據條例獲批准或存放在登記冊內的環境影響評估報告、已批准的環境影響評估報告的條件、環境影響評估程序的技術備忘錄，以及須達致和維持可接受的環境質素等因素。
7.5 申 請 新 的 環 境 許 可 證
如環境許可證就指定工程項目發出但期間該指定工程項目的責任所屬有所改變，則為該項指定工程項目承擔責任的人士須申請環境許可證，並應在承擔責任前以指定表格取得新的環境許可證。申請人應繳交訂明的費用。如署長信納就該指定工程項目所發出的現有環境許可證並無實質改變而同時環評報告的定論仍屬有關，便會發出新的環境許可證。
現有持證人在停止承擔工程項目的責任時，應以向署長提交表格方式，交回全部或部分環境許可證。
7.6 申 請 更 改 環 境 許 可 證
當環境許可證條件需作出更改，持證人可根據條例第13條以指定的表格申請更改環境許可證，並繳交訂明的費用。申請將會在30日內處理。
如署長信納在實施緩解措施後指定工程項目的環境影響並無實質改變，而且指定工程項目亦符合環境影響評估程序的技術備忘錄規定，署長可能不另要求提交環境影響評估報告，而批准更改環境許可證。如需要提交環境影響評估報告，應按條例第5、6、7及8條規定的程序進行。
7.7 要 求 確 定 應 否 視 相 連 工 程 為 一
項 指 定 工 程 項 目
根據條例第26(6)條，任何人或相聯繫的人如將某些相連工程項目分開，而該等相連工程項目整體而言符合成為指定工程項目的資格，而如此分開的目的是規避條例的執行，即屬違法。條例附表1有就相聯繫的人作出釋義。
該人或相聯繫的人可根據條例第4(5)條以書面向署長申請確定某些相連工程項目是否須視為指定工程項目。對於應視為指定工程項目的相連工程項目，環境及生態局局長在諮詢署長意見後，可以書面指明及由署長將該指明文件發予該人或相聯繫的人。
