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后海灣和大鵬灣
香港和內地以深圳河分隔，並共享后海灣和大鵬灣的水體。香港政府和廣東省政府於2000年在「粵港持續發展與環保合作小組」之下成立了「大鵬灣及后海灣（深圳灣）區域環境管理專題小組」，以加強合作，保護后海灣和大鵬灣的水環境。
后海灣的水域生態系統獨一無二，野生生物種類繁多。由於該處具有重要生態價值，因此米埔一帶和后海灣內灣於1995年被指定為「拉姆薩爾濕地」。都市化和禽畜飼養活動，使后海灣的水體日益受到生活污水和禽畜廢物污染。有見及此，香港政府和廣東省政府於1990年宣布把后海灣指定為必須優先合力保護和保育的地點。
為提升后海灣水質，粵港政府於2000年制訂了《后海灣(深圳灣）水污染控制聯合實施方案》(「實施方案」)。「實施方案」載明了兩地政府分階段推行的污染控制措施，主要透過拓建和優化污水基礎設施，減少污水排入后海灣。雙方會定期回顧「實施方案」，以評價方案的成效和制訂所需的增補措施，包括修訂「實施方案」的內容。雙方正根據修訂的方案積極治理水環境，逐步削減排入后海灣的污染量。自2000年代中期，主要入灣河道的水質持續改善，后海灣的水質因而亦有實質改善。深港雙方會繼續緊密合作，以持續改善后海灣的水質。
除后海灣外，大鵬灣在1994年亦成為粵港第二個重點研究區，粵港雙方參照保護后海灣的經驗，開始對大鵬灣的環境保護和區域控制策略進行研究。2003年，環保署與深圳環境保護局(現稱為深圳市生態環境局)攜手完成《大鵬灣水質區域控制策略》合作研究。研究建議大鵬灣的發展應設上限，以保護大鵬灣良好水質。
深港雙方亦會定期回顧《大鵬灣水質區域控制策略》，以檢視各項控制策略的成效和制訂所需的增補措施。深港雙方正繼續推行《大鵬灣水質區域控制策略》的建議，以保護大鵬灣水環境及實現可持續發展目標。
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